明代将权，或者说总兵官的权力，经历着起起落落的发展过程。
明初，总兵官以武爵或武职充任，统领节制所在地区的都司卫所部队，并有督屯筹饷、管理马政、整饬城防器械、参奏文武官员、过问军人司法等职掌，权力广泛且高崇。
明中叶以后，总兵权力逐渐被督抚、巡按、御史、司道、郎中等文官所分解。
嘉靖以后，总兵所剩的职责主要是统兵作战，明确规定“如经略边务，随宜调度各镇将官，相机战守，此总督之职守也；整饬兵备，训练兵马，督理粮草，抚恤士卒，此巡抚之职守也；整饬兵备，申严号令，振作军威，相机战守，此总兵之职守也”，并受节制、监督于督抚。（《明世宗实录》卷315）
明末，随着战事愈加频繁，总兵官的权力逐渐提升，有的将领更不听文臣节制。东江军镇离心势力的滋长，并最终成为边疆的一割据势力，其根源正是辽东战争背景下将权的恶性膨胀。
镇江之役后，毛文龙开辟了抵御后金的第二战场，舆论纷纷要求派兵支援并接济毛文龙，并授予他独当一面的指挥权。
明廷为鼓励毛文龙从事敌后活动，便任命毛文龙为平辽总兵官，赐予尚方剑，加指挥佥事。
明代中后期任命总兵官的敕书一般要求将领与督抚商议军机而行，或者明言受督抚节制，但是毛文龙的敕书直书“便宜行事”四字，这在当时是个特例，又有尚方剑在手，事实上已握有专杀和便宜行事的大权。
毛文龙大权在手，逐渐逾制，扩张权力。
首先是违制夺巡按、御史之权举劾文武官员。
《明熹宗实录》卷30天启三年正月载督饷御史江日彩疏言“援辽总兵毛文龙孤臣势处艰危一疏，将征东将士、海委运官，效按臣报命之典，人列四六考语，特疏举刺，甚至朝鲜君臣与夫宰执、经略、督饷、部院、司道、主事、登莱巡抚、海防各道以及于臣，无不人列姓名，褒荐无漏，臣不胜骇异。举刺大典，非武帅可操，坏法贻羞，所伤不小。乞垂谕戒”。旨下该部知之。
又《两朝从信录》卷23载，天启四年七月，毛文龙呈进地图，并陈战守粮饷军需事宜，得旨“本内保举官员甚众，以后不系军中紧要事情，不得轻议”。
《崇祯长编》卷5崇祯元年正月丁卯载，“毛文龙镇东江，请得举劾文吏，昌言揭争非制，文龙憾之，乃造蜚语中司饷同知翟栋。栋被逮，昌言发愤呕血卒”。
而《牧斋初学集》卷53《山东青登莱海防督饷布政使司右参政赠太僕寺卿谭公墓志铭》载“海外俘级日侈，交关逆奄魏忠贤，张大其事，规觎封爵。公坚持之，弗与勘覆。岛帅益骄，构内旨，得举刺文吏，造蜚语，中管饷同知翟栋，缇骑突至，械翟于公座，公叹曰‘以我故，累廉吏，而不能救，何以生为？’愤懑不食，呕血数升，顿致赢疾。亡何，遂不起。”
翟栋被逮事，《明熹宗实录》卷48载，天启四年十一月，“是月登州府同知翟栋扭解来京究问，以毛文龙参之也。此为逮问之始”。
又《明熹宗实录》卷64天启五年十一月庚辰载，登莱管饷同知毛应时因不愿支给额外商价得罪毛文龙，毛文龙“疑管饷都司毛应时勒贿阻商，具疏参之”。
其次是与登莱的文武将官闹矛盾，逐渐不受登莱抚臣节制。
毛文龙既任东江军镇总兵官，先是与登莱总兵沈有容相失。
毛文龙与沈有容闹矛盾主要是因为两件事
其一是刘兴祚约降事。
当时刘兴祚通信谋反正，谕令登莱总兵沈有容与东江总兵毛文龙率兵接应，谋取南卫，不意水兵上陆被后金擒人焚船，“复州之人欲叛”的消息传闻于努尔哈齐（《满文老档·太祖朝》），致后金屠迁复州军民，沈有容与毛文龙相互指责。
其二是收复金州之事。
沈有容认为“金州孤悬海外，登州、皮岛倶远隔大洋，声援不及，不可守”（《明史》卷270《沈有容传》），东江镇属下麻洋岛守备张盘率兵乘后金弃城敛兵之际入居金州，希望登莱之兵协防金州，但是登兵并没有积极协防救援，毛文龙愤慨道“无奈西来之将，每见冰解，虎势稍宁，遂则扬帆至鲜，鬼溷一番，或杀顺民，拐带子女，猛见风高，委称验功，超然而去矣”。（《东江疏揭塘报节抄》卷3《天启四年二月十六日塘报》）
接着又与登莱巡抚武之望严重不和。
明廷在登莱设立抚臣，原本是防范后金南下，并与山海关、广宁成三方并进之势，其职责是节制登莱与东江两镇、清核兵马钱粮、稽查功罪、调发分防、规划信地营制等。
毛文龙作为东江镇总兵官，虽有便宜行事之权，但程序上还是要受登莱抚臣节制。
天启五年正月，原属东江信地的旅顺失陷，在旅顺防守的责成上武之望与毛文龙出现矛盾。
这年三月，武之望上疏明廷裁断旅顺信地应归属登莱，还是归属东江，兵部的意见是“旅顺应属登州必然之画也”，“今已设游击一员专守旅顺，当专属登抚节制，其分岛各官听登抚择人分布，咨题授职”，熹宗“是之”。（《明熹宗实录》卷58）
旅顺游击张攀为东江镇属官，奉朝命来旅顺任事，已经一月，毛文龙因“回文不及”，未知朝命，竟派遣张继善等四员将领前来驻防，并于五月十九日将所在兵民全部载回东江，旅顺之防遂空，此事毛文龙竟“前后并无知会文移”（《明熹宗实录》卷61）
对这种擅权的做法，武之望颇有怨言，因而上疏请专一事权，并惩处勾敌的曾有功。
六月，毛文龙上疏反驳，称“若张攀者，臣实幸其去。据其哆谈忠义，似可大用，然投之握算，不知纵横，恐力小任重，有负所知耳”，又袒护曾有功，称登莱官将“张盘、朱国昌虽死犹生，视之奸逃将竟席府库为己资，旋择膏腴为三窟，不啻天壤。使其窜伏内地，不生忌懻，不作风波，犹之可也，今且鸣张盖，含沙射人”。（《东江疏揭塘报节抄》卷3《天启五年六月初十日塘报》）
该年八月，又有换俘之事，武之望上疏言“查登镇素无解东夷语者，臣等不能辨其来历，据外议啧啧，犹有不敢尽言者”，言外之意，个中有不可告人的隐情。（《明熹宗实录》卷62）
九月，武之望上疏弹劾毛文龙“专制海外，糜饷饰功，擅权横恣”，请设重臣驻扎于石城岛、广鹿岛适中之地，节制两镇。”（《明熹宗实录》卷63）
毛文龙以饷银召买商货，超额近一倍，武之望不愿支给额外部分，毛文龙让武之望代请增饷，武之望又不许，因此，两人势同水火。
该年闰十一月，毛文龙上疏诬诋武之望，武之望愤而上疏奏辨，并求罢“臣初抚登时期与文龙同心共济移书相劝勉，捐资相接济，乃数次文移，杳无一字相应也。既而捐米助张盘，以救水火之民，不惟不以为德，而且以为摇夺矣。曾有功勾虏陷张盘，臣查提以正奸之罪，不惟不以为罪，而且以为陈国才嫁祸诬害矣。
至七月中，忽移文相继而至。一则铁山失火实有其事，而移文于臣，却谓登官造谤，令臣戒谕之。一则赊欠商货，万口喧腾，而移文于臣，反谓登官挠阻，令臣究治之。一则朱家龙得罪该镇不知何故，乃差官相继锁拏，而又移文于臣，谓家龙以饷银二万余馈送登州士绅及各上司，令臣拘解过海究治之。而屡疏言旅顺事，其言揶榆诋诬，无所不至，臣虽不足惜，独不虑轻朝廷而辱节钺之体耶？”（《明熹宗实录》卷65）
明廷认为毛文龙为后金所忌必当容护，登莱巡抚又不可裁撤，于是决定将武之望升调，而“登抚员缺另行推补”。
这样，武之望与毛文龙的矛盾，就以武升调南京吏部右侍郎，毛继续任事而告终。
明廷自以为这是既重封疆又存纪纲的良法，殊不知这客观上助长了毛文龙的跋扈之势，正如山东巡抚右佥都御史吕纯如所担心的那样“登镇者以节制海帅，非受海帅节制者也。若以同事睚眦，遽撤之去，则目前之纪纲倒置，而日后之钤束更难矣”。（《明熹宗实录》卷66）
不受督抚节制，专擅跋扈，毛文龙的这个问题在天启年间是逐渐养成的。
武之望去职后，弹劾毛文龙“此其跋扈之势与古安史何异”，这个说法存在个人恩怨的成分，其实毛文龙的军阀跋扈之势完全显现是崇祯初，此时尚不是非常严重。
再谈毛文龙对军队的控制，主要指毛文龙在军队中培植亲信势力，力图将东江军打造成依附他个人的私人武装。
东江镇的武将集团可分为四部分。一是航海来援的南兵军官，即所谓南官，这部分军官不多，俸银极微，据毛文龙称“乃海外南官七年以来，未微半年之俸”，天启七年二月南兵军官才得以按辽官例支给俸粮。
二是投奔毛文龙的原任辽东都司卫所军官，数量不少，但是多无俸粮，据姜曰广、王梦尹称“三韩既陷，辽东各卫指挥、千、百户等官逃归内地者固多，而就便逃归东江者亦不少。除毛文龙已用者不计外，尚有二百六十余人。有未袭职者，有袭职而无俸粮者，无不愿食公家一日之俸而效一臂之力”，至天启六年九月才定给予俸粮。（《两朝从信录》卷31）
三是毛文龙提拔、便宜札授的辽兵军官。这部分授职的辽官与前述南官、原任辽官至天启七年开始给俸，定岁给俸银三万二千九百三十八两，崇祯初裁减至一万两。（毕自严《覆登抚督师台省核定东江饷额数疏》）
四是由原广宁从征家丁及毛文龙子侄组成的骨干军官，这部分是东江镇武将集团的上层势力，盘占军中要职，与毛文龙关系最为亲密。如毛文龙从子毛承禄为东江镇副总兵，姻亲陈继盛为副总兵，张攀、张继善、王辅、尤景和、王承鸾、孔有德、耿仲明等人为广宁从征家丁，前后都累官至参将、游击而据守一方。
毛文龙在东江军队中培植亲信势力，一是利用赐姓命名的方式，以收作养孙的名义，与军中将官建立一种类似血缘关系的人身依附关系。
毛文龙家族按辈分排列，其下辈为“承”字辈，孙辈为“有”字辈或“永”字辈，故毛文龙的养孙多以“永”、“有”起名。如降金三将孔有德改名毛永诗，耿仲明又名毛永杰，尚可喜即毛永喜。东江军中自上而下的军镇要职都是由毛文龙的养孙所担当，毛文龙正是凭借这些亲信势力来控制东江军队。毛文龙对毛姓军官和非毛姓军官的待遇悬殊，如《朝鲜李朝仁祖实录》卷18仁祖六年四月乙未载，陈继盛称“冒姓毛人则厚其廪料，其他将官则待之太薄”。
正因如此，东江军队中有大量的军官冒称毛姓，据袁崇焕称竟达数千人之多，可以说东江军完全可以称为毛家军了。
毛文龙培养亲信拉拢人心的另一个手段是滥授职衔。明廷赋予毛文龙札授便宜本是希望积极策反降金的汉官并鼓励将士杀敌建功，但是毛文龙在实行中却凭一己之好恶，滥用札授，致东江镇中军官冗杂，军制混乱无纪。
如《明熹宗实录》卷75天启六年八月己巳载王梦尹称“东江给札授衔为鼓舞士心设也，岂容今日一都司，明日一游击，宜令帅臣屯酌授职，则得官不滥，而人更知荣以思奋”。
又《崇祯长编》卷23崇祯二年六月戊午载，袁崇焕称“命姓赐氏，即朝廷不多行，文龙部下官兵毛其姓者数千人，且以总兵而给付参、游、守之札部下千人，其走使舆人俱参、游名色，亵名器，树爪牙，犯上无等”。
卷25崇祯二年八月庚午载，袁崇焕整顿东江兵马称“其将领所用仅三十余员，而彼中副、参、游、守无算，即登戎籍已四百余员”。
又《续杂录》记载“标下将官副、总、参将、游击、守陴，其数甚多，与夺一从爱憎。诸毛及其所爱，皆安享爵禄”。
东江镇由于悬绝海岛的缘故，得以滋长其离心势力，并最终恶化为割据军阀。
不过，它与唐代藩镇最大的区别在于它没有财权，经济上不能独立，镇中军民生活必须仰赖朝廷接济，如若朝廷断绝海运，东江成海中绝岛，非狗急跳墙，即坐以待毙。
正因如此，东江镇离心势力滋长的同时又表现出一定的向心倾向，通过寻求朝廷当事者的支持来维持并扩大其生存利益。
为巩固既得利益，获取更多的军需供应，毛文龙利用垄断商利之便，用从朝鲜贸得的人参、貂皮等物贿赂权贵，增加自己在朝廷的奥援。
以史为证。《黄忠端公集》说略卷6云“毛卫通内，使至，必携貂、参若干辆，尽走帝侧，余及要人，故所求辄应，兵饷之外，帑金数万为军前犒赏者再”。
《沈氏日旦》卷12载“毛文龙庸夫耳，有牵制之名，绝无实用。不过盗辽地参貂以媚朝贵，而享此高爵厚禄，负此重名”。
《茨村咏史新乐府》卷上《东江叹》称“初毛盛时，葰貂书币走津要如织”。
《吴越所见书画录》卷5《董文敏行书兵部左侍郎节寰袁公行状四册》称“毛文龙者，公故奇其胆智，然自夜邑之奉蛊其心，子公之力柔其骨，数辇貂参于奥援，求增饷金，求宽海禁，无复吞胡之意”。
钱曾《也是园杂记》载“终熹庙世，倡为牵制之说，联络登、津，跨鲜控辽，岁縻金钱无算，贩貂参以输辇下诸君，献俘冒赏，张投鞭击只之虚声，而求所谓捣穴奇谋，实鲜有当也”。
又《续杂录》记载“都督接客处，满壁垂障，其文皆褒扬自己功德，又列录作者姓名，皆中朝名流”。
天启四年夏，阉党夺权之后，毛文龙又开始与阉党勾结，建立起内外呼应、互利互赞的政治联盟。
天启五年二月，阉党太监王敏政、胡良辅到朝鲜举行封典，例供银参。
毛文龙对朝鲜问安使柳恒称“礼部欲差送四员，而本镇前揭帖于各衙门，悉陈尔国荡败之状，故只送二太监”。“凡支供及所索之物，尔国比前减半可矣”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷8）
然而毛文龙自己逢迎两太监如恐不及，如朝鲜人称“都督每令我国减省接待之事，而其私自承奉，则如恐不及。今又赞美两使，欺罔呈朝，其反覆难信之状，至于此极”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷9）
所谓称赞太监之事，即《明熹宗实录》卷62天启五年八月辛巳载“平辽总兵官毛文龙疏颂册封朝鲜内使王敏政、胡良辅，中称‘于国真忠，超越古今之钦使’”。
该年六月，毛文龙又请内臣驻守登莱督发粮饷，这是为了获取更多的钱粮而与阉党同伙所作的政治交易，因为这既满足魏忠贤控制边镇的野心，又满足阉党太监吞没饷银的欲图。
宁远战后出现了第一次东江移镇的风波，朝廷上出现了严重质疑毛文龙的声音，鞍山败后生性悖乱躁急的毛文龙一度极为不悦，抗金信心有所动摇。
不过，最后毛文龙还是决定向阉党寻求支援，如朝鲜人所说“毛将务结中贵，以为自固之计”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷12）
阉党分子迅速活动，力阻移镇，并为毛文龙请求内臣督理粮饷。
毛文龙也上疏辩解自己尽力牵制，只是苦于粮饷不足，并称病乞罢。
舆论以鞍山之败为牵制功，因而熹宗不同意毛文龙的乞休，“著户部速发接济，还宜矢心料理，竭力担任，以成牵制之功”，并赐予征虏将军旧印，以为荣宠。（《明熹宗实录》卷76）
藉由阉党的支援和鞍山之役的宣示，毛文龙不仅躲过移镇风波，还得以赠其逝世的寡母沈氏为“一品夫人”，赠其父左军都督府左都督，追封四代，准许毛文龙在獐子岛上筑四代家庙，“时往祭拜”，可谓皇恩浩荡。
阉党的支持让毛文龙气势更盛，如《朝鲜李朝仁祖实录》仁祖四年十月甲子载，备边司启曰“伏见元铎所送诏使奏本及兵部题覆，颇为毛帅伸理，而以五月渡江一事为毛帅之功。此毛帅多计变幻之效也。呈上不准辞本，许发帑银，至给征虏将军旧印以宠之，恐未必不出于姑息羁縻，而毛之气势自此益张，抑念投奴之计，或因此小寝，在天朝不可谓非得计也”。
天启七年二月，熹宗下谕奖励毛文龙，并正式派遣镇守太监“其所处皮岛一带地方实牵掣剿除要著，去冬该镇曾有请讨内臣驻札之奏，朕慎思详审，久未施行。今特命总督登津镇守海外等处便宜行事太监一员御马监太监胡良辅，提督登津副镇守海外等处太监一员御马监太监苗成，中军太监二员御马监太监金捷、郭尚礼，都著于皮岛等处地方驻札，督催饷运，查核钱粮，清汰老弱，选练精强，一应战守机宜、军务事体，著与毛帅和衷协力，计议妥确而行，不得轻易纷更，亦不许胶执故套，更要不时牵掣，相机剿除，期奏犁庭扫穴之勋。”
东江镇守太监的派出意味着毛文龙与阉党政治联盟的完全形成，此后逐渐形成了一种现象，即阉党与毛文龙合谋，请军饷请军械，夸伪捷献伪俘，而毛文龙与阉党均从中获益。
丁卯之役是敌后战场具有转折意义的重大挫败，然而毛文龙与阉党同伙合作，千方百计隐满败报，又千方百计掩败为功。
铁山、须弥岛失陷后，毛文龙避兵海上，却上揭帖称“丽官丽人招奴害职，职坚忍不拔，所伤不满千人”。（《明熹宗实录》卷82）
明廷得知“毛帅锐气未伤”，心甚嘉慰，竟屡屡下令袁崇焕率关宁军捣巢。
天启七年三月，毛文龙在琼山截击后金运粮队获得小胜，却谎称已经将后金兵困于银杏江，明廷又十分欣喜，声称“是尤足以鼓我军之朝气而夺奴之胆也”，只要正面战场发兵捣巢，“此天亡奴之矣”。（《明熹宗实录》卷82）
四月，阉党兵科给事中许可征为毛文龙弥缝，称游击高万重扬言铁山、须弥岛失守为煽惑人心，得旨“著该镇拏解法司，依律问拟。逃亡摇惑擎获，在岛者任从彼中处分具奏，未获者候缉到究问，以肃军法”、阉党同伙御史安伸奏“毛镇援丽，截奴三战三捷，已困贼于银杏江矣”，请求“奖力遏狂锋之毛文龙”。（《明熹宗实录》卷83）
五月，后金撤兵西归的消息传来明廷，明明是朝鲜就盟而致，然而明廷君臣竟归功于毛文龙的抵抗。
如《明熹宗实录》卷84天启七年五月丙子载，“兵部尚书王之臣覆巡抚登莱李嵩塘报，东江之师屡有斩馘，朝鲜恃此一枝得以无恙”，王之臣覆袁崇焕塘报得旨“览奏，奴兵东犯，毛帅能以孤旅抗敌，劲气不挫，皆厂臣悉心接济，多方应援之力”。
戊寅载，辽东镇守太监刘应坤题奏“今关津水兵渐集，毛镇复乘间出奇，因而王京获守，奴从昌城、满浦遁归沈阳”。后金主力渡江前后，毛文龙率兵对义州一带的留守兵进行了袭扰，但多是小规模的接触战，根本无关战争的结局，更何况有胜亦败，可是毛文龙又向朝廷献俘宣捷报功。
阉党登莱巡抚李嵩于天启七年六月题奏“奴以十万之众蹂躏东江，毛文龙乃能于狂烽正炽之际，奋敌忾迅扫之威，今解到活夷三名、夷级四百七十七颗、达帽二百九十顶，逐一验视，历历皆真。毛帅之功于是乎不可及矣！是役也，厂臣之神谋秘算，赫声濯灵，实有以夺其气而夺其魄。他如内外大小诸臣并海外将领官兵，应查例勘明题叙者也”，得旨“毛帅孤悬绝岛，力遏狂氛，设伏出奇，获此屡捷……这俘获巨魁，奏报巳久，既验审明白，着上紧解来正法。内外在事诸臣及海外将领官兵应行叙录者，即查明功次，照例行该抚作速勘叙，以凭升赉”。
这些首级中有部分是阵斩的真敌，但有些是朝鲜人郑凤寿所献，如《朝鲜李朝仁祖实录》卷15仁祖五年五月乙未载，龙川府使郑凤寿驰启曰“前后斩获二十一级，入送毛营”，有些则是以剃头的鲜民冒充。
阐党登津镇守太监胡良辅等四人于该年四月率军八千往援皮岛，毛文龙与之“歃血而盟，约为兄弟”。胡良辅等人本负有清核兵马钱粮的责任，与毛文龙“约为兄弟”之后，毛文龙又将军中的犒赏银五万转送他的阉党兄弟，这样，所谓清核当然又成空话。
八月，胡良辅又上奏毛文龙斩获功，得旨“奴虎娼狂，残我属国，览奏该镇与毛帅协力同心，宣布恩信，赈恤丽民，激励将士，丽地、汤站、懒盘等处屡建捷功，积衰顿起，军声大振，具见海外方略，盖体厂臣安攘筹画，克副任使，深慰朕怀，所有俘获，不妨风帆之便，另行题解”。胡良辅又为毛文龙请饷百万，建议让东江与登莱一体给饷，得旨依允。
十月，录东江功，“太监魏忠贤、王体乾、徐应元等及胡良辅、金捷、郭尚礼各荫锦衣卫指挥同知，苗成指挥佥事、郭尚礼千户、边进朝等二十一人各百户，崔呈秀等荫锦衣卫指挥同知，余赐金、币有差”
这样，明明是惨痛失利的丁卯之役，反倒成为毛文龙和阉党同伙邀功的借口。
而朝鲜人的记载给我们留下了宝贵的真相。如《朝鲜李朝仁祖实录》卷16，仁祖五年七月乙丑载，胡军门接伴使李弘胄驰启曰‘‘去夜，都督牌文来到岛中。牌文中措语言明是虚张，而既有所闻，謄书上送。其牌文曰‘逆奴突丽未退，反戈西犯，本镇亲统官兵，直抵海州、辽沈地方，一揭巢穴，大展奇功。捉活夷无数，斩首级万余，海外孤军，一朝快捷。独丽境并凤凰城一带，残贼未除，相机剿杀，势成破竹。一应将领毛有保等知悉，速将在丽残贼，用心掩击，务灭此类无只骑，共成凯奏，方消宿恨’云云”。
丁卯载，金起宗驰启曰“毛将持兵在岛中，不敢窥贼左足，而只以日献伪捷，厚罔天朝。节制龙骨、剑山等处，至以天朝爵命，除拜我国之人，其意有在。义州哨官崔孝立军兵又属其中军，事极可骇云”。
毛文龙勾结阉党的记载不独见于朝鲜方面的记载，明人也有记载可以验证。
如陈鼎《留溪外传》卷7称“岛师解伪俘至，帅亦忠贤子，欲张其功，冀邀封爵”。
黄中坚《蓄斋二集》卷8明言“岛帅毛文龙，阉党也”。
《圣朝新政要略》卷9载，崇祯元年二月，工科右给事中潘士闻弹劾毛文龙称“有谓内监赍敕稽查兵饷，犒赏五万，今文龙自知虚冒，转送内监，复以五六万金送内监，不点人马……有谓文龙与四监结拜之后，对胡太监說‘人马散处在外，不便查点’，胡监笑云‘点甚么人马，只要替老祖爷做些功劳，多封几个侯伯，何愁富贵不久长’。挂一画像，头戴冕旒，身穿衮龙，手执圭，供一金字龙牌，写当今上公魏老祖爷，朝夕焚香礼拜者。先是屡旨移镇，概不敢命，可称跋扈，度其诡谋长技，不过以所糜军饷，辇金潜住长安，多方布置，为庇护地耳”。
《崇祯长编》卷23崇祯二年六月戊午载，袁崇焕称“疏请内臣出镇，用其腹心陈汝明、孟斌、周显谟等辇金长安，拜魏忠贤为父，给冕旒像于岛中，交结近侍，十当斩”。两相一比，可见袁崇焕所说确是事实。
《明熹宗实录》卷80，天启七年正月丙戌载，“毛帅标下游击陈汝明公务在京，惯熟海道”，可见陈汝明等重金行贿魏忠贤是在天启六年，应该是通过到朝鲜行封典的太监王敏政、胡良辅接通了与魏忠贤的联系。关于这一点可从上引朝鲜人的记载中获得佐证。
被毛文龙称为对自己“实相矜悯”的登莱总兵官杨国栋于崇祯元年上揭称毛文龙焰附魏忠贤，毛文龙上疏狡辩道“而国栋诬臣亦附魏也，独不忆向者明引曹承恩为捷径，手书尚留臣处，而臣置不答乎！独不思忠贤称颂功德齐天，请建生祀一疏，尚在御前乎？又独不思皇城岛之独创生祠，金碧辉辉，直令其子杨可任祝发守祠乎？假使臣果欲附挡，岂不能效国栋之为忠贤请建生祠，历上章疏？岂不能效国栋之为忠贤称功颂德耶！”
杨国栋自己并不干净，毛文龙所说的称颂建祠确有其事，后来崇祯因此处分了杨国栋，免去其总兵官之职。
客观地说，现存的史料当中并没有毛文龙上疏称颂魏忠贤或者为魏忠贤建生祠的记载，毛文龙的辩解并不是没有道理，但是，是不是阉党并不单看有没有颂功或有没有建祠，毛文龙贿连魏忠贤及阉党，拜魏忠贤为父，与阉党结成稳固的政治联盟，互援互利，相互勾结，并焚拜魏画像，毛文龙是阉党这个事实铁证如山。
其后，随着袁案定立，毛为阉党之说竟出现了反复。如毛文龙党羽吴惟英在《东江客问》中称拜像之事无可稽考“毛立功之日，在忠贤窃柄之先，加以阴气所承，相借而相成者，荒唐愈甚。至于建祠岛中，益无稽矣！焕何不曰附登莱官绅立祠登莱，何不曰附宁锦官绅立祠宁锦？而直曰岛中也。人烟难到之地，谁为核实？‘莫须有’三字，‘意欲’二字，足服天下后世乎？”
正如梅之涣在给袁崇焕的信中称“此量内外关通打成一片，今虽宫府肃清，而伏戎余孽，尚烦有徒，即其戴逆爪牙，竟漏逆网，神通力量，便自可知”。总之，由于有阉党同伙在朝廷中的支持，天启年间毛文龙的种种不法行为得以被掩盖一时，熹宗给予毛文龙的恩宠更隆，甚至一度想要封毛文龙为辽东伯，只是因为魏忠贤的倒台才没有得逞。
可以说阉党的一味姑息和相互勾结客观上助成了毛文龙的嚣张跋扈之势，毛文龙的军阀割据之势正是在阉党执政期间完全形成的。
明初，总兵官以武爵或武职充任，统领节制所在地区的都司卫所部队，并有督屯筹饷、管理马政、整饬城防器械、参奏文武官员、过问军人司法等职掌，权力广泛且高崇。
明中叶以后，总兵权力逐渐被督抚、巡按、御史、司道、郎中等文官所分解。
嘉靖以后，总兵所剩的职责主要是统兵作战，明确规定“如经略边务，随宜调度各镇将官，相机战守，此总督之职守也；整饬兵备，训练兵马，督理粮草，抚恤士卒，此巡抚之职守也；整饬兵备，申严号令，振作军威，相机战守，此总兵之职守也”，并受节制、监督于督抚。（《明世宗实录》卷315）
明末，随着战事愈加频繁，总兵官的权力逐渐提升，有的将领更不听文臣节制。东江军镇离心势力的滋长，并最终成为边疆的一割据势力，其根源正是辽东战争背景下将权的恶性膨胀。
镇江之役后，毛文龙开辟了抵御后金的第二战场，舆论纷纷要求派兵支援并接济毛文龙，并授予他独当一面的指挥权。
明廷为鼓励毛文龙从事敌后活动，便任命毛文龙为平辽总兵官，赐予尚方剑，加指挥佥事。
明代中后期任命总兵官的敕书一般要求将领与督抚商议军机而行，或者明言受督抚节制，但是毛文龙的敕书直书“便宜行事”四字，这在当时是个特例，又有尚方剑在手，事实上已握有专杀和便宜行事的大权。
毛文龙大权在手，逐渐逾制，扩张权力。
首先是违制夺巡按、御史之权举劾文武官员。
《明熹宗实录》卷30天启三年正月载督饷御史江日彩疏言“援辽总兵毛文龙孤臣势处艰危一疏，将征东将士、海委运官，效按臣报命之典，人列四六考语，特疏举刺，甚至朝鲜君臣与夫宰执、经略、督饷、部院、司道、主事、登莱巡抚、海防各道以及于臣，无不人列姓名，褒荐无漏，臣不胜骇异。举刺大典，非武帅可操，坏法贻羞，所伤不小。乞垂谕戒”。旨下该部知之。
又《两朝从信录》卷23载，天启四年七月，毛文龙呈进地图，并陈战守粮饷军需事宜，得旨“本内保举官员甚众，以后不系军中紧要事情，不得轻议”。
《崇祯长编》卷5崇祯元年正月丁卯载，“毛文龙镇东江，请得举劾文吏，昌言揭争非制，文龙憾之，乃造蜚语中司饷同知翟栋。栋被逮，昌言发愤呕血卒”。
而《牧斋初学集》卷53《山东青登莱海防督饷布政使司右参政赠太僕寺卿谭公墓志铭》载“海外俘级日侈，交关逆奄魏忠贤，张大其事，规觎封爵。公坚持之，弗与勘覆。岛帅益骄，构内旨，得举刺文吏，造蜚语，中管饷同知翟栋，缇骑突至，械翟于公座，公叹曰‘以我故，累廉吏，而不能救，何以生为？’愤懑不食，呕血数升，顿致赢疾。亡何，遂不起。”
翟栋被逮事，《明熹宗实录》卷48载，天启四年十一月，“是月登州府同知翟栋扭解来京究问，以毛文龙参之也。此为逮问之始”。
又《明熹宗实录》卷64天启五年十一月庚辰载，登莱管饷同知毛应时因不愿支给额外商价得罪毛文龙，毛文龙“疑管饷都司毛应时勒贿阻商，具疏参之”。
其次是与登莱的文武将官闹矛盾，逐渐不受登莱抚臣节制。
毛文龙既任东江军镇总兵官，先是与登莱总兵沈有容相失。
毛文龙与沈有容闹矛盾主要是因为两件事
其一是刘兴祚约降事。
当时刘兴祚通信谋反正，谕令登莱总兵沈有容与东江总兵毛文龙率兵接应，谋取南卫，不意水兵上陆被后金擒人焚船，“复州之人欲叛”的消息传闻于努尔哈齐（《满文老档·太祖朝》），致后金屠迁复州军民，沈有容与毛文龙相互指责。
其二是收复金州之事。
沈有容认为“金州孤悬海外，登州、皮岛倶远隔大洋，声援不及，不可守”（《明史》卷270《沈有容传》），东江镇属下麻洋岛守备张盘率兵乘后金弃城敛兵之际入居金州，希望登莱之兵协防金州，但是登兵并没有积极协防救援，毛文龙愤慨道“无奈西来之将，每见冰解，虎势稍宁，遂则扬帆至鲜，鬼溷一番，或杀顺民，拐带子女，猛见风高，委称验功，超然而去矣”。（《东江疏揭塘报节抄》卷3《天启四年二月十六日塘报》）
接着又与登莱巡抚武之望严重不和。
明廷在登莱设立抚臣，原本是防范后金南下，并与山海关、广宁成三方并进之势，其职责是节制登莱与东江两镇、清核兵马钱粮、稽查功罪、调发分防、规划信地营制等。
毛文龙作为东江镇总兵官，虽有便宜行事之权，但程序上还是要受登莱抚臣节制。
天启五年正月，原属东江信地的旅顺失陷，在旅顺防守的责成上武之望与毛文龙出现矛盾。
这年三月，武之望上疏明廷裁断旅顺信地应归属登莱，还是归属东江，兵部的意见是“旅顺应属登州必然之画也”，“今已设游击一员专守旅顺，当专属登抚节制，其分岛各官听登抚择人分布，咨题授职”，熹宗“是之”。（《明熹宗实录》卷58）
旅顺游击张攀为东江镇属官，奉朝命来旅顺任事，已经一月，毛文龙因“回文不及”，未知朝命，竟派遣张继善等四员将领前来驻防，并于五月十九日将所在兵民全部载回东江，旅顺之防遂空，此事毛文龙竟“前后并无知会文移”（《明熹宗实录》卷61）
对这种擅权的做法，武之望颇有怨言，因而上疏请专一事权，并惩处勾敌的曾有功。
六月，毛文龙上疏反驳，称“若张攀者，臣实幸其去。据其哆谈忠义，似可大用，然投之握算，不知纵横，恐力小任重，有负所知耳”，又袒护曾有功，称登莱官将“张盘、朱国昌虽死犹生，视之奸逃将竟席府库为己资，旋择膏腴为三窟，不啻天壤。使其窜伏内地，不生忌懻，不作风波，犹之可也，今且鸣张盖，含沙射人”。（《东江疏揭塘报节抄》卷3《天启五年六月初十日塘报》）
该年八月，又有换俘之事，武之望上疏言“查登镇素无解东夷语者，臣等不能辨其来历，据外议啧啧，犹有不敢尽言者”，言外之意，个中有不可告人的隐情。（《明熹宗实录》卷62）
九月，武之望上疏弹劾毛文龙“专制海外，糜饷饰功，擅权横恣”，请设重臣驻扎于石城岛、广鹿岛适中之地，节制两镇。”（《明熹宗实录》卷63）
毛文龙以饷银召买商货，超额近一倍，武之望不愿支给额外部分，毛文龙让武之望代请增饷，武之望又不许，因此，两人势同水火。
该年闰十一月，毛文龙上疏诬诋武之望，武之望愤而上疏奏辨，并求罢“臣初抚登时期与文龙同心共济移书相劝勉，捐资相接济，乃数次文移，杳无一字相应也。既而捐米助张盘，以救水火之民，不惟不以为德，而且以为摇夺矣。曾有功勾虏陷张盘，臣查提以正奸之罪，不惟不以为罪，而且以为陈国才嫁祸诬害矣。
至七月中，忽移文相继而至。一则铁山失火实有其事，而移文于臣，却谓登官造谤，令臣戒谕之。一则赊欠商货，万口喧腾，而移文于臣，反谓登官挠阻，令臣究治之。一则朱家龙得罪该镇不知何故，乃差官相继锁拏，而又移文于臣，谓家龙以饷银二万余馈送登州士绅及各上司，令臣拘解过海究治之。而屡疏言旅顺事，其言揶榆诋诬，无所不至，臣虽不足惜，独不虑轻朝廷而辱节钺之体耶？”（《明熹宗实录》卷65）
明廷认为毛文龙为后金所忌必当容护，登莱巡抚又不可裁撤，于是决定将武之望升调，而“登抚员缺另行推补”。
这样，武之望与毛文龙的矛盾，就以武升调南京吏部右侍郎，毛继续任事而告终。
明廷自以为这是既重封疆又存纪纲的良法，殊不知这客观上助长了毛文龙的跋扈之势，正如山东巡抚右佥都御史吕纯如所担心的那样“登镇者以节制海帅，非受海帅节制者也。若以同事睚眦，遽撤之去，则目前之纪纲倒置，而日后之钤束更难矣”。（《明熹宗实录》卷66）
不受督抚节制，专擅跋扈，毛文龙的这个问题在天启年间是逐渐养成的。
武之望去职后，弹劾毛文龙“此其跋扈之势与古安史何异”，这个说法存在个人恩怨的成分，其实毛文龙的军阀跋扈之势完全显现是崇祯初，此时尚不是非常严重。
再谈毛文龙对军队的控制，主要指毛文龙在军队中培植亲信势力，力图将东江军打造成依附他个人的私人武装。
东江镇的武将集团可分为四部分。一是航海来援的南兵军官，即所谓南官，这部分军官不多，俸银极微，据毛文龙称“乃海外南官七年以来，未微半年之俸”，天启七年二月南兵军官才得以按辽官例支给俸粮。
二是投奔毛文龙的原任辽东都司卫所军官，数量不少，但是多无俸粮，据姜曰广、王梦尹称“三韩既陷，辽东各卫指挥、千、百户等官逃归内地者固多，而就便逃归东江者亦不少。除毛文龙已用者不计外，尚有二百六十余人。有未袭职者，有袭职而无俸粮者，无不愿食公家一日之俸而效一臂之力”，至天启六年九月才定给予俸粮。（《两朝从信录》卷31）
三是毛文龙提拔、便宜札授的辽兵军官。这部分授职的辽官与前述南官、原任辽官至天启七年开始给俸，定岁给俸银三万二千九百三十八两，崇祯初裁减至一万两。（毕自严《覆登抚督师台省核定东江饷额数疏》）
四是由原广宁从征家丁及毛文龙子侄组成的骨干军官，这部分是东江镇武将集团的上层势力，盘占军中要职，与毛文龙关系最为亲密。如毛文龙从子毛承禄为东江镇副总兵，姻亲陈继盛为副总兵，张攀、张继善、王辅、尤景和、王承鸾、孔有德、耿仲明等人为广宁从征家丁，前后都累官至参将、游击而据守一方。
毛文龙在东江军队中培植亲信势力，一是利用赐姓命名的方式，以收作养孙的名义，与军中将官建立一种类似血缘关系的人身依附关系。
毛文龙家族按辈分排列，其下辈为“承”字辈，孙辈为“有”字辈或“永”字辈，故毛文龙的养孙多以“永”、“有”起名。如降金三将孔有德改名毛永诗，耿仲明又名毛永杰，尚可喜即毛永喜。东江军中自上而下的军镇要职都是由毛文龙的养孙所担当，毛文龙正是凭借这些亲信势力来控制东江军队。毛文龙对毛姓军官和非毛姓军官的待遇悬殊，如《朝鲜李朝仁祖实录》卷18仁祖六年四月乙未载，陈继盛称“冒姓毛人则厚其廪料，其他将官则待之太薄”。
正因如此，东江军队中有大量的军官冒称毛姓，据袁崇焕称竟达数千人之多，可以说东江军完全可以称为毛家军了。
毛文龙培养亲信拉拢人心的另一个手段是滥授职衔。明廷赋予毛文龙札授便宜本是希望积极策反降金的汉官并鼓励将士杀敌建功，但是毛文龙在实行中却凭一己之好恶，滥用札授，致东江镇中军官冗杂，军制混乱无纪。
如《明熹宗实录》卷75天启六年八月己巳载王梦尹称“东江给札授衔为鼓舞士心设也，岂容今日一都司，明日一游击，宜令帅臣屯酌授职，则得官不滥，而人更知荣以思奋”。
又《崇祯长编》卷23崇祯二年六月戊午载，袁崇焕称“命姓赐氏，即朝廷不多行，文龙部下官兵毛其姓者数千人，且以总兵而给付参、游、守之札部下千人，其走使舆人俱参、游名色，亵名器，树爪牙，犯上无等”。
卷25崇祯二年八月庚午载，袁崇焕整顿东江兵马称“其将领所用仅三十余员，而彼中副、参、游、守无算，即登戎籍已四百余员”。
又《续杂录》记载“标下将官副、总、参将、游击、守陴，其数甚多，与夺一从爱憎。诸毛及其所爱，皆安享爵禄”。
东江镇由于悬绝海岛的缘故，得以滋长其离心势力，并最终恶化为割据军阀。
不过，它与唐代藩镇最大的区别在于它没有财权，经济上不能独立，镇中军民生活必须仰赖朝廷接济，如若朝廷断绝海运，东江成海中绝岛，非狗急跳墙，即坐以待毙。
正因如此，东江镇离心势力滋长的同时又表现出一定的向心倾向，通过寻求朝廷当事者的支持来维持并扩大其生存利益。
为巩固既得利益，获取更多的军需供应，毛文龙利用垄断商利之便，用从朝鲜贸得的人参、貂皮等物贿赂权贵，增加自己在朝廷的奥援。
以史为证。《黄忠端公集》说略卷6云“毛卫通内，使至，必携貂、参若干辆，尽走帝侧，余及要人，故所求辄应，兵饷之外，帑金数万为军前犒赏者再”。
《沈氏日旦》卷12载“毛文龙庸夫耳，有牵制之名，绝无实用。不过盗辽地参貂以媚朝贵，而享此高爵厚禄，负此重名”。
《茨村咏史新乐府》卷上《东江叹》称“初毛盛时，葰貂书币走津要如织”。
《吴越所见书画录》卷5《董文敏行书兵部左侍郎节寰袁公行状四册》称“毛文龙者，公故奇其胆智，然自夜邑之奉蛊其心，子公之力柔其骨，数辇貂参于奥援，求增饷金，求宽海禁，无复吞胡之意”。
钱曾《也是园杂记》载“终熹庙世，倡为牵制之说，联络登、津，跨鲜控辽，岁縻金钱无算，贩貂参以输辇下诸君，献俘冒赏，张投鞭击只之虚声，而求所谓捣穴奇谋，实鲜有当也”。
又《续杂录》记载“都督接客处，满壁垂障，其文皆褒扬自己功德，又列录作者姓名，皆中朝名流”。
天启四年夏，阉党夺权之后，毛文龙又开始与阉党勾结，建立起内外呼应、互利互赞的政治联盟。
天启五年二月，阉党太监王敏政、胡良辅到朝鲜举行封典，例供银参。
毛文龙对朝鲜问安使柳恒称“礼部欲差送四员，而本镇前揭帖于各衙门，悉陈尔国荡败之状，故只送二太监”。“凡支供及所索之物，尔国比前减半可矣”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷8）
然而毛文龙自己逢迎两太监如恐不及，如朝鲜人称“都督每令我国减省接待之事，而其私自承奉，则如恐不及。今又赞美两使，欺罔呈朝，其反覆难信之状，至于此极”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷9）
所谓称赞太监之事，即《明熹宗实录》卷62天启五年八月辛巳载“平辽总兵官毛文龙疏颂册封朝鲜内使王敏政、胡良辅，中称‘于国真忠，超越古今之钦使’”。
该年六月，毛文龙又请内臣驻守登莱督发粮饷，这是为了获取更多的钱粮而与阉党同伙所作的政治交易，因为这既满足魏忠贤控制边镇的野心，又满足阉党太监吞没饷银的欲图。
宁远战后出现了第一次东江移镇的风波，朝廷上出现了严重质疑毛文龙的声音，鞍山败后生性悖乱躁急的毛文龙一度极为不悦，抗金信心有所动摇。
不过，最后毛文龙还是决定向阉党寻求支援，如朝鲜人所说“毛将务结中贵，以为自固之计”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷12）
阉党分子迅速活动，力阻移镇，并为毛文龙请求内臣督理粮饷。
毛文龙也上疏辩解自己尽力牵制，只是苦于粮饷不足，并称病乞罢。
舆论以鞍山之败为牵制功，因而熹宗不同意毛文龙的乞休，“著户部速发接济，还宜矢心料理，竭力担任，以成牵制之功”，并赐予征虏将军旧印，以为荣宠。（《明熹宗实录》卷76）
藉由阉党的支援和鞍山之役的宣示，毛文龙不仅躲过移镇风波，还得以赠其逝世的寡母沈氏为“一品夫人”，赠其父左军都督府左都督，追封四代，准许毛文龙在獐子岛上筑四代家庙，“时往祭拜”，可谓皇恩浩荡。
阉党的支持让毛文龙气势更盛，如《朝鲜李朝仁祖实录》仁祖四年十月甲子载，备边司启曰“伏见元铎所送诏使奏本及兵部题覆，颇为毛帅伸理，而以五月渡江一事为毛帅之功。此毛帅多计变幻之效也。呈上不准辞本，许发帑银，至给征虏将军旧印以宠之，恐未必不出于姑息羁縻，而毛之气势自此益张，抑念投奴之计，或因此小寝，在天朝不可谓非得计也”。
天启七年二月，熹宗下谕奖励毛文龙，并正式派遣镇守太监“其所处皮岛一带地方实牵掣剿除要著，去冬该镇曾有请讨内臣驻札之奏，朕慎思详审，久未施行。今特命总督登津镇守海外等处便宜行事太监一员御马监太监胡良辅，提督登津副镇守海外等处太监一员御马监太监苗成，中军太监二员御马监太监金捷、郭尚礼，都著于皮岛等处地方驻札，督催饷运，查核钱粮，清汰老弱，选练精强，一应战守机宜、军务事体，著与毛帅和衷协力，计议妥确而行，不得轻易纷更，亦不许胶执故套，更要不时牵掣，相机剿除，期奏犁庭扫穴之勋。”
东江镇守太监的派出意味着毛文龙与阉党政治联盟的完全形成，此后逐渐形成了一种现象，即阉党与毛文龙合谋，请军饷请军械，夸伪捷献伪俘，而毛文龙与阉党均从中获益。
丁卯之役是敌后战场具有转折意义的重大挫败，然而毛文龙与阉党同伙合作，千方百计隐满败报，又千方百计掩败为功。
铁山、须弥岛失陷后，毛文龙避兵海上，却上揭帖称“丽官丽人招奴害职，职坚忍不拔，所伤不满千人”。（《明熹宗实录》卷82）
明廷得知“毛帅锐气未伤”，心甚嘉慰，竟屡屡下令袁崇焕率关宁军捣巢。
天启七年三月，毛文龙在琼山截击后金运粮队获得小胜，却谎称已经将后金兵困于银杏江，明廷又十分欣喜，声称“是尤足以鼓我军之朝气而夺奴之胆也”，只要正面战场发兵捣巢，“此天亡奴之矣”。（《明熹宗实录》卷82）
四月，阉党兵科给事中许可征为毛文龙弥缝，称游击高万重扬言铁山、须弥岛失守为煽惑人心，得旨“著该镇拏解法司，依律问拟。逃亡摇惑擎获，在岛者任从彼中处分具奏，未获者候缉到究问，以肃军法”、阉党同伙御史安伸奏“毛镇援丽，截奴三战三捷，已困贼于银杏江矣”，请求“奖力遏狂锋之毛文龙”。（《明熹宗实录》卷83）
五月，后金撤兵西归的消息传来明廷，明明是朝鲜就盟而致，然而明廷君臣竟归功于毛文龙的抵抗。
如《明熹宗实录》卷84天启七年五月丙子载，“兵部尚书王之臣覆巡抚登莱李嵩塘报，东江之师屡有斩馘，朝鲜恃此一枝得以无恙”，王之臣覆袁崇焕塘报得旨“览奏，奴兵东犯，毛帅能以孤旅抗敌，劲气不挫，皆厂臣悉心接济，多方应援之力”。
戊寅载，辽东镇守太监刘应坤题奏“今关津水兵渐集，毛镇复乘间出奇，因而王京获守，奴从昌城、满浦遁归沈阳”。后金主力渡江前后，毛文龙率兵对义州一带的留守兵进行了袭扰，但多是小规模的接触战，根本无关战争的结局，更何况有胜亦败，可是毛文龙又向朝廷献俘宣捷报功。
阉党登莱巡抚李嵩于天启七年六月题奏“奴以十万之众蹂躏东江，毛文龙乃能于狂烽正炽之际，奋敌忾迅扫之威，今解到活夷三名、夷级四百七十七颗、达帽二百九十顶，逐一验视，历历皆真。毛帅之功于是乎不可及矣！是役也，厂臣之神谋秘算，赫声濯灵，实有以夺其气而夺其魄。他如内外大小诸臣并海外将领官兵，应查例勘明题叙者也”，得旨“毛帅孤悬绝岛，力遏狂氛，设伏出奇，获此屡捷……这俘获巨魁，奏报巳久，既验审明白，着上紧解来正法。内外在事诸臣及海外将领官兵应行叙录者，即查明功次，照例行该抚作速勘叙，以凭升赉”。
这些首级中有部分是阵斩的真敌，但有些是朝鲜人郑凤寿所献，如《朝鲜李朝仁祖实录》卷15仁祖五年五月乙未载，龙川府使郑凤寿驰启曰“前后斩获二十一级，入送毛营”，有些则是以剃头的鲜民冒充。
阐党登津镇守太监胡良辅等四人于该年四月率军八千往援皮岛，毛文龙与之“歃血而盟，约为兄弟”。胡良辅等人本负有清核兵马钱粮的责任，与毛文龙“约为兄弟”之后，毛文龙又将军中的犒赏银五万转送他的阉党兄弟，这样，所谓清核当然又成空话。
八月，胡良辅又上奏毛文龙斩获功，得旨“奴虎娼狂，残我属国，览奏该镇与毛帅协力同心，宣布恩信，赈恤丽民，激励将士，丽地、汤站、懒盘等处屡建捷功，积衰顿起，军声大振，具见海外方略，盖体厂臣安攘筹画，克副任使，深慰朕怀，所有俘获，不妨风帆之便，另行题解”。胡良辅又为毛文龙请饷百万，建议让东江与登莱一体给饷，得旨依允。
十月，录东江功，“太监魏忠贤、王体乾、徐应元等及胡良辅、金捷、郭尚礼各荫锦衣卫指挥同知，苗成指挥佥事、郭尚礼千户、边进朝等二十一人各百户，崔呈秀等荫锦衣卫指挥同知，余赐金、币有差”
这样，明明是惨痛失利的丁卯之役，反倒成为毛文龙和阉党同伙邀功的借口。
而朝鲜人的记载给我们留下了宝贵的真相。如《朝鲜李朝仁祖实录》卷16，仁祖五年七月乙丑载，胡军门接伴使李弘胄驰启曰‘‘去夜，都督牌文来到岛中。牌文中措语言明是虚张，而既有所闻，謄书上送。其牌文曰‘逆奴突丽未退，反戈西犯，本镇亲统官兵，直抵海州、辽沈地方，一揭巢穴，大展奇功。捉活夷无数，斩首级万余，海外孤军，一朝快捷。独丽境并凤凰城一带，残贼未除，相机剿杀，势成破竹。一应将领毛有保等知悉，速将在丽残贼，用心掩击，务灭此类无只骑，共成凯奏，方消宿恨’云云”。
丁卯载，金起宗驰启曰“毛将持兵在岛中，不敢窥贼左足，而只以日献伪捷，厚罔天朝。节制龙骨、剑山等处，至以天朝爵命，除拜我国之人，其意有在。义州哨官崔孝立军兵又属其中军，事极可骇云”。
毛文龙勾结阉党的记载不独见于朝鲜方面的记载，明人也有记载可以验证。
如陈鼎《留溪外传》卷7称“岛师解伪俘至，帅亦忠贤子，欲张其功，冀邀封爵”。
黄中坚《蓄斋二集》卷8明言“岛帅毛文龙，阉党也”。
《圣朝新政要略》卷9载，崇祯元年二月，工科右给事中潘士闻弹劾毛文龙称“有谓内监赍敕稽查兵饷，犒赏五万，今文龙自知虚冒，转送内监，复以五六万金送内监，不点人马……有谓文龙与四监结拜之后，对胡太监說‘人马散处在外，不便查点’，胡监笑云‘点甚么人马，只要替老祖爷做些功劳，多封几个侯伯，何愁富贵不久长’。挂一画像，头戴冕旒，身穿衮龙，手执圭，供一金字龙牌，写当今上公魏老祖爷，朝夕焚香礼拜者。先是屡旨移镇，概不敢命，可称跋扈，度其诡谋长技，不过以所糜军饷，辇金潜住长安，多方布置，为庇护地耳”。
《崇祯长编》卷23崇祯二年六月戊午载，袁崇焕称“疏请内臣出镇，用其腹心陈汝明、孟斌、周显谟等辇金长安，拜魏忠贤为父，给冕旒像于岛中，交结近侍，十当斩”。两相一比，可见袁崇焕所说确是事实。
《明熹宗实录》卷80，天启七年正月丙戌载，“毛帅标下游击陈汝明公务在京，惯熟海道”，可见陈汝明等重金行贿魏忠贤是在天启六年，应该是通过到朝鲜行封典的太监王敏政、胡良辅接通了与魏忠贤的联系。关于这一点可从上引朝鲜人的记载中获得佐证。
被毛文龙称为对自己“实相矜悯”的登莱总兵官杨国栋于崇祯元年上揭称毛文龙焰附魏忠贤，毛文龙上疏狡辩道“而国栋诬臣亦附魏也，独不忆向者明引曹承恩为捷径，手书尚留臣处，而臣置不答乎！独不思忠贤称颂功德齐天，请建生祀一疏，尚在御前乎？又独不思皇城岛之独创生祠，金碧辉辉，直令其子杨可任祝发守祠乎？假使臣果欲附挡，岂不能效国栋之为忠贤请建生祠，历上章疏？岂不能效国栋之为忠贤称功颂德耶！”
杨国栋自己并不干净，毛文龙所说的称颂建祠确有其事，后来崇祯因此处分了杨国栋，免去其总兵官之职。
客观地说，现存的史料当中并没有毛文龙上疏称颂魏忠贤或者为魏忠贤建生祠的记载，毛文龙的辩解并不是没有道理，但是，是不是阉党并不单看有没有颂功或有没有建祠，毛文龙贿连魏忠贤及阉党，拜魏忠贤为父，与阉党结成稳固的政治联盟，互援互利，相互勾结，并焚拜魏画像，毛文龙是阉党这个事实铁证如山。
其后，随着袁案定立，毛为阉党之说竟出现了反复。如毛文龙党羽吴惟英在《东江客问》中称拜像之事无可稽考“毛立功之日，在忠贤窃柄之先，加以阴气所承，相借而相成者，荒唐愈甚。至于建祠岛中，益无稽矣！焕何不曰附登莱官绅立祠登莱，何不曰附宁锦官绅立祠宁锦？而直曰岛中也。人烟难到之地，谁为核实？‘莫须有’三字，‘意欲’二字，足服天下后世乎？”
正如梅之涣在给袁崇焕的信中称“此量内外关通打成一片，今虽宫府肃清，而伏戎余孽，尚烦有徒，即其戴逆爪牙，竟漏逆网，神通力量，便自可知”。总之，由于有阉党同伙在朝廷中的支持，天启年间毛文龙的种种不法行为得以被掩盖一时，熹宗给予毛文龙的恩宠更隆，甚至一度想要封毛文龙为辽东伯，只是因为魏忠贤的倒台才没有得逞。
可以说阉党的一味姑息和相互勾结客观上助成了毛文龙的嚣张跋扈之势，毛文龙的军阀割据之势正是在阉党执政期间完全形成的。