松平信纲听了，也不禁有些哑然无语。就在这时，忽然头脑中闪过了一道灵光，道：“我明白了，愿来是为了这个。”
东乡重次死后，商家军向萨摩军的残部发动了最后的进攻，在一阵火枪射击之后，萨摩军的残部伤亡一片，其畲全都自杀身亡。而首里城的动乱也终于全部结束。
萨摩军几乎全军覆没，而彦根军也好不到那里去，就算加上松平信纲带来的二千人的余众，一共也只剩下一千八百多人。因此也可以算是损失残重了。
而同样损失重大的首里城，原来这里本来有三万多名琉球百姓居住，现在只剩下不足五千人，而在动乱结束之后，更为重要的是，琉球王尚贤，以及王室成员，也全部都丧生在这一次动乱当中，从幸存的几个待从那里得知，琉球的王室成员就是在昨天，被住在王宫里的岛津光久等人全部杀死，而且王室的女性成员，也都遭到萨摩藩的奸淫。还有不少人是自杀身亡的。
松平信纲得知之后，也不禁苦笑了一声，自己的推测没有错，商家军的目标既不是萨摩藩，也不是自己，而是琉球的王室。
尽管琉球不大，但却依然是一个独立的国家，只要琉球王室存在，商毅就很难名正言顺的吞并琉球。当然以商毅的实力，并不是不能直接干掉琉球的王室，但这样一来，在琉球恐怕人心不服，难以稳定。而萨摩藩这一闹，正好替商毅解决了这个难题，琉球百姓的仇恨全都被转移到日本身上，对商毅反而会感恩戴徳，心甘情愿的服从商毅的统治。
因此商毅的这一手玩得确实十分高明，幕府、自己、萨摩、琉球，全部都被他玩弄于掌股之间。琉球正是日本南端的门户，商毅占领琉球之后，日本等于门户大开，而面对这样一个可怕的对手，日本有胜算吗？
第四卷 纵横篇 第一九二章 抗清统一战线
就在商家军的舰队以巨舰重炮轰开了日本国门的时候。商毅在南京正式招开了江南四方会谈，制订南方的四个政权同时存在的规则。
参加四方会谈的代表是，南京方面的代表是李岩、李松晨；永历朝廷的代表丁时魁、吴贞毓；永安朝廷后代表张煌言、尚之孝；绍武朝廷的代表郑鸿逵、顾元镜。另外还有三名中立方的代表吴甡、史可法、黄宗羲，付责从中调停，协调各方的关系。
整个会谈足足进行了一个多月的时间，过程也十分曲折，四方代表为了自己一方的利益，全部都尽力据理力争，寸步不让，多次中断了会谈的进程。在整个会谈其间，一共发生了七次休会暂停，甚致还有两次有代表威胁要退出会谈，而在桌面下的暗箱操作，威逼利诱，拉陇分化等等手段，更是不计其数。
不过现在南方的四个政权一强三弱的事实是不可改变，三个南明朝廷都是处于弱势的一方，但本身都不思进取，不能励精图治，奋发作为，而且在互相之间还都不能兼容，难以组成一个联系紧密的同盟来对抗南京，因此在会谈的大趋势上，也只能被南京政府牵着鼻子走。
但经过了艰距的反复协商，扯皮拉筋之后，终于在十月五日这一天，达成了一致的意见，签定了协议。
协议首先规定，正式承认永历、永安、绍武这三个明藩朝廷的合法地位，互相并尊，如遇会议、会盟、签定协议，则以各朝廷皇帝的辈份、年龄来分列位次；各朝内部的内政自主，官员任命、岁赋役征，其他各方都不得干涉，；南京方面也承认奉立三个明藩朝廷为正朔，在公文来往方面，以臣属自居。而三个明藩朝廷也共享正式策封商毅为靖北王，将湖广、江西、浙江、南京四个地区确定为商毅的封地。
这一点是确定现在南方秩序的大原则，也是经过了最激烈的争吵，由其是永历朝廷，因为永历朝廷的皇帝朱由榔是祟祯、弘光两个皇帝的堂弟，从血缘来说算是最近的，因此一直都以正统自居，当然不甘心和其他二个朝廷并列，相比之下，永安、绍武两个朝廷因为血统较远，到是能够接受这个事实。结果以三比一的优势为压永历朝廷。
为此永历朝廷的代表还闹出了第一次退出。但南京方面对此也早有准备，通过私下的渠道，警告永历朝廷，一但为此而退出，那么等南京、永安、绍武三方达成一致之后，将联合出兵，同伐永历朝廷，后果很严重，自己看着办。结果永历朝廷的代表果然害怕了，也只能服软。
不过商毅表示仍然奉立这三个明藩朝廷为正朔，也算是给足了他们面子，尽管谁都知道，这仅仅只是在名议上，但回去之后也能够自圆其说。而对南京方面来说，重视的是实利，而不是虚名，何况南京政府本身就是一个独立的政权，基本上也不会和三个明藩朝廷有什么官方来往。
而三个明藩朝廷承认商毅靖北王的称号和封地，也不过是顺水推舟，因为商毅己经称王了，封地也占领了，承不承认也都一样。
协议的其次内容，是正式确定三个明藩朝廷的疆土范围以边境，并且规定发生摩擦事件，只能用协商解决，或请第三方调解，但在互相之间不得无故兴兵袭犯，否则其他各政权将联合对其进行打击。而除目前各方所拥有的地区之外，其他的地区将由各方自己抢占，谁打下来归谁。
在承认了第一条的大原则之后，这一条是争议最小的，因为三个明藩朝廷都是不思进取，得过且过之辈，能够守着自己这一亩三分地，当几天太平皇帝，过几天舒坦日子就心满意足了，别人不来打自己就谢天谢地，谁都没有兴趣再去打别人，致于统一天下，还是算了吧。而各朝廷内部的官员也都忙着争权夺利，能够在一个外部稳定的环境中争权夺利，当然也受各方的欢迎。
协议的最后内容，都是针对清廷的。包括的内容有：南方各朝廷都与清廷势不两立，以收复失地为己任，并且约定首先收复北京的一方，将为天下共主；与清廷发生任何官方来往、签定和约、南方都必须以一个整体进行，任何一方都不得私下与清廷签定任何协议、和约；任何一方遭受清廷或其他势力的攻击，其他三方都有义务出兵支持；而三个明藩朝廷如果要出兵北伐，商毅将为其让路。
关于这部份内容，其他的到没什么，因为现在长江中下游都是商毅的地盘，除了永历朝廷有一部份和四川接壌之外，其他都和清廷没有直接相邻，谁都不担心清军会打过来。因此签定四方攻守同盟，永历朝廷也很满意，而其他两方也都没有意见。
而争意最大的是收复北京者为天下共主，因为谁都知道，现在的南方有实力收复北京，只有商毅。因此这一条等于是为商毅量身定做，但谁也无法提出反对意见来，毕竟不能说自己收复不了北京。
而对南方除商毅之外，唯一一个真心想和清军作战的郑成功集团，商毅也在私下答应他们，下一次与清廷作战，一定会叫上他们一起出兵。并且在长江北岸的沿海地区，也让出一个地方，供郑军驻军，屯积粮草物资。因此郑成功集团也全力支持这项协议。
当然还有一些其他的次要内容，比如各方都将开放各自的边境地区，互相通商往来，降低关税，流通商品贸易；允许《杭州时报》在其他三个朝廷内自由发行；南京政府也邀请三个明藩朝廷派遣官员，留驻南京，以便于互相联络沟通等等。因为这些事项并不涉及各方的根本利益，到也并没有引起多少争议，很快也就确定下来了。
这份在后来被称为是南方抗清统一战线形成的标志性文件，也就是这样被捣鼓出来了。而在后来的档案、历书中，将这件文件称为《南方联盟协议》。
各方代表在协议上签好名之后，也都带着各自的一份协议，离开南京，返回自己的朝廷。不过在各自的朝廷中又都引发了一场争论，有人赞成、也有人反对。不过各方的实权人物心里都清楚，现在南方三朝廷根本无法与商毅相抗衡，而且这协议对自己来说也多少有一些好处，而不利的地方，似乎在目前还真的没有，一但不承认这协议，万一把商毅给遭恼了，真的打过来怎么办？
另外其他三方的不少大臣们也都有这样一个想法，反正有商毅在前面挡着清廷，就让他去和清廷硬拼，等到他们拼个两败俱伤，自己也好坐收渔利。因此在这多重因素之下，虽然也经历了一番争吵，但最终还是认可了这份协议。而随后各方又都各自投入到权力斗争当中去了。至于协议，也没人再理会。
三个明藩朝廷内部的事情，商毅从情报部门那里也都陆续知道一些，大体的发展并不出他的预料，虽然从理论上说，签定的协议本身并没有太大的约束力，随时都可以被撕毁，但三个明藩朝廷肯派人到南京来参加会谈，就基本表示了各方对会谈结果的主要态度。而且协议也充份照顾到各方的现实利益，因此在时局没有发生明显的变化之前，各方也都不会轻易违反这份协议，至少也可以维持一段时间。
那么在短时间内，自己也不用把主要的精力放在南方，而是可以将大部的注意力放在北方的清廷，以及海外。
同时第二次琉球战役，以及进攻日本，袭击江户的战斗消息也都陆续传回到南京，战事的进展也十分顺利，一直都按照商毅预定的计划进行，也让人十分放心。因此现在商毅的主要精力还是放在自己内部的调整上，现在要做的事情还有很多，安排一直排到了今年的年底。
而首先要做的，就是举行称王仪式，虽然现在商毅己经称靖北王已经有三个多月了，在南京政府的文件上，也己经使用靖北王的称呼，而且也得到了三个明藩朝廷的正式承认，但由于四方会谈的进行，以及其他的事务商毅始于都没有举行一个正式的加冕仪式。虽然只是称王，但也仍有一套十分复杂的程序和仪式，在中国古代，对这一套程序是非常重视的，因此从理论上说，商毅这个靖北王还不算是名正言顺。
现在其他事情都告一段落，四方会谈也取得了比较好的结果，因此周世奇、王夫之、李岩、李格非等人也向商毅进言，应该在南京筑台祭天，选择一个良辰吉日，正式登台，进冠冕，玺绶讫，面南背北称王。
商毅虽然不喜欢这些繁琐的仪式，但也不好弗众人的意愿，因此也只好同意，但要求一切仪式，都尽量简进行。
第四卷 纵横篇 第一九三章 称王设官
其实称王的仪式也并不仅仅只是一个形式，还要分封各级官员，以及商毅的众妻妾们也都要得到正式策封，正式成立后宫。
尽管这一次只是称王，而不是称帝，但现在商毅集团巳经不在是一个临时的地方割据势力，是成为一个真正的国家政权机构。也需要一套与之相配的行政管理制度和规则，正式的官职品级，以及军队的建制，当然也包括商毅后宫的等级制度。那怕只是暂时性的。这才是称王的主要目地。因此这也是对目前商毅集团内部的一次全面的安排整合和权力分配。
另外商毅起事差不多有五年的时间了，现在虽然还不算是完全功成名就，统一天下，但也可以说是坐镇一方建朝立业的独立势力，而有不少一开始就跟随商毅的部下，在这些年来，也都立下了不少功绩，无论是文臣还是武将，都应该对他们有所安排，进行一次阶段性的封赏奖励，这也是居上位者必须做的工作。
同时随着实力的扩大，在商毅集团内部，也形成了几个派纟，从地域可以分为山东纟和浙江系两支；从家族上可以分为周氏和林氏二派，再加上其他的小派系，也比较复杂。但正是有人的地方就有江湖，一个集团扩大，内部再形成新的派纟，在任何时候，任何地方，都是不可避免的事实。
当然在目前来说，商毅集团内部的各方势力还十分团结，并没形成争权夺利的局面，一方面是有商毅在上面压制，另一方面也是目前还处于“革命尚未成功，同志仍需努力”的阶段，因此众人都还能够做到齐心协力，互相帮助。但也不能因此马虎大意，由其是称王之后的分封，不仅要做倒对毎一个人都论功行赏，还要平衡各方面的利益，不说让所有人都满意，但也必须让绝大多数人都心悦成服，这也确实让商毅也废了好一番脑筋。
在加冕仪式结束之后，首先是对后宫进行分封，王爵的后宫制度没有皇帝那么复杂，大体只有正妃、侧妃、偏妃三种，甚致还会有妾室。当然如果商毅原意，也完全可以按照皇帝的标准，弄出什么三宫六院七十二妃来，不过现在商毅还不打算广收妻妾，只是立叶瑶瑱为靖北王正妃，林凤舞为侧妃，陈圆圆和明石姬都为偏妃。但同时商毅也正式规定，自已不在南京期间，正王妃将有代理行政决策的权力。
因为现在算是商毅正式妻妾的，只有这四个人。虽然亚莉桑徳拉和朱媺娖的婚礼都在筹备当中，但毕竟没有正式举行，因此这一次也都不在分封之列。
后宫的分封，也是最简单的一项，并没有太多争异。因为在商毅的妻妾当中，除了林凤舞之外，其他人其本都没有多少娘家势力，叶瑶瑱本来就是商毅的正妻，立为正妃也是理所当然，而且在过去几年里，商毅领军出战，都是由叶瑶瑱代理政务，这一点也己经得到了众官员的认可。
林凤舞是以平妻的身份嫁给商毅，她也是商毅的妻妾当中，唯一一个有娘家背景的，而且林凤舞本身也极居理财能力，和海外阅历，同时林家也是商毅的一个重要的支助力量，因此被立为侧妃也是顺理成章，而陈圆圆和明石姬本是妾室，被立为偏妃。
随后才是重头戏，因为中国发展到现在，文官制度己经非常完善了，没必要做大修改。因此在文官的品级和官职名称上，商毅也并不准备另搞一套，基本还是沿用明朝的旧制，官员的品级分从正九品，而各级以内又分初授、升授、加授等二三个级；而中央设内阁、分六部九寺等等。
首先商毅下令，将行政部正式改为内阁，由周世奇出首辅，王夫之、李岩、李格非三人都入阁理事。周世奇兼任吏部尚书、户部尚书；王夫之兼任礼部尚书、工部尚书；李岩兼任兵部尚书，统战部部长。
周世奇，王夫之、李岩三人成为商毅的内阁成员，并不奇怪，因为这三个人很早就付责整个行政部的工作，只有李格非是被格提拔起来的。而且在此之前，李格非付责的是商业运行，对外贸易来往，以及对外事务等工作，在中国传统的政治格局中，这些都不是主流的事务。
但李格非的身份是林之洋的盟兄弟，也算是林家的一份子，而林家也是商毅手下的一大团体，在另一大团体周家已经出任内阁首辅的情况下，林家在内阁中理当占有一席之地。而且南京政府和过去的其他朝廷不同，十分重视商业营运和对外贸易，这两块的收入占总财政收入的七成左右，因此过去李格非的工作，实际也是相当重要的。这次进入内阁，也表示商毅坚持发展商业，对外贸易，以及走向海外的态度。
由内阁成员兼任六部尚书，也是明朝常的惯例，以前商毅在行政部下，设立了十一个司，实际是将六部的职能和权利分散，因为商毅的政府和过去的历代朝廷所走的道路并不一样，还按照原先的六部划份，显然是己经不能满足管理的需要，必须分得更为细致，因此这十一司实际取代了过去六部的位置，同时还会增设一些新部门。
而内阁成员兼任六部尚书之后，实际是不能参与六部的实际公务外理，只是分管各部工作，吏部下，新设组织部和人事档案部、户部分管财政部、审计部；礼部分管教育部，宣传部、工部分管工业部、农田部、工建部；而李格非分管商务部、对外贸易交流部。而兵部现在仅仅只是一个虚壳，所有与战事有关的事务，都由统战部处理，保留这个名称实际只是为了凑齐六部，因此李岩同时还兼任统战部的部长。
不过统战部的俱体工作其实是由商毅在处理，而且在现阶段，统战部仍然是最高机构，就连内阁也必须服从统战部的决议。但李岩并不属于山东、浙江这两大集团之中，因此权力分配大体仍然保持着一个平衡状态。
唯一一个没有被兼任的六部职位就是刑部，由仲栽司主事为王仲平出任刑部尚书，而且刑部不在内阁的管辖范围以内，而是直接对商毅付责。因为商毅是来自现代社会的人，三权分立的概念己经深入其心，现在的南京政府还不可能成立议会，但这也是将司法部门从行政部门独立出来，司法权和行政权分立的格局，并为以后真正实行三权分立所做的准备。
刑部以下，设仲裁院和督察院两个机构，其中仲裁院是付责处民间事务，而督察院是处理各级官员的违法事务，但目前来说，督察院只有审判权，并没抓捕权和审询权，目前这两项权利都由由安全处、情报处来付责，督察院主要还是刑部只是走最后一道审判程序。刑部目前的主要功能，还是针对民间事务，权力并不大。毕竞现在还是战争时期，并不是真正搞国家建设的时候。因此尽管刑部尚书王仲平是属于山东纟的，但也不会对权力划纷造成多大的影响力。
这样一来，而属于直接对商毅付责，除了刑部之外，还有文书司，安全处、情报处，现在也都升级成部。各部的部长依然由原来的长官出任。这样一来，南京政府实际有十八个部门，分属内阁管理的有十二个，直接对商毅付责的有六个。
中央机构的组成等级就这样确定下来，而地方机构基本还是保持原样，按省、市、县、乡镇四级不变。其实也就是对应巡抚、知府、知州、知县等官职。而各官员的品级，还是沿用明朝旧制。同时各级官员的奉禄以及补贴也都在以前的标准上，又增加一成左右。
明朝的官员奉禄是中国历代最低的，如果尽靠奉禄，一般的官员根本养活不了自己，因为商毅集团的财政状况一向很好，因此政府官员和官兵的饷奉都很好，要比明朝时侯高得多。毕竟想要别人干活，总得让人家过得好一些吧。
不过商毅当然清楚，官员贪不贪污，并不在于官俸的高低，宋朝是历代官俸最高的，但照样贪污成风，而明朝这样的低俸，也同样有两袖清风，清廉守节的官员，因此所谓高薪养廉，所起的作用其实十分有限。治理贪污其实是一个世界性的难题，必须从道德、法制、完善的监督制度和财政管珪制度等几方面一齐努力才能完成，单靠某一方面，是没有用的。商毅集团目前来说，在这方面作得还不错，正是得益于完善的财政制度和监督体纟。
另外商毅决定现在暂时还不设立勋位、爵位，以及荫恩亲属等制度，毕竟现在还没有到真实坐享其成的时候。因此行政系统的官员构成基本就这样确定下来，以后再根据实际的需要，再增设其他部门、官员。
第四卷 纵横篇 第一九四章 整编军队（上）
文官系统确定下来之后，接着就是军队纟统。而首先改变的，是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力，为了增加军队的归属感，保障自已对军队的绝对控制力，因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王，并且己经形成一个独立的政权机构，说是国家，也不为过，如果还叫商家军，仍然脱离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制，统一称为中华军，而陆军也称为中华虎贲军，海军则称为中华伏波军。
这二个名称也得到众人的一致赞同，因为中华是中国、华夏的合称，自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字，就意味南京政府的目标是夺取天下，并非偏安一隅。也能体现商毅己经实质是一个一方君主的事实。
虎贲在中国古代，是是守卫王宫、护卫君主的专职军人，也可以指军中的勇士、猛将。而伏波的本意就有降伏波涛的意思，伏波将军则是古代对将军个人勇武能力的一种封号，用这两个词分别称呼陆军和海军，不仅十分贴功，而且也可以充份说明出中华军强悍无敌的一面。
军队的名称确实之后，商毅也正式下令，将中华虎贲军按照湖北军区的模式，在全军内部设立军区，做为中华虎贲军的最高军队组织，在目前的势力范围中，成立山东、中原、江西、湖广、南京五大军区。各军区的最官员为军区司令员，司令部中可设副司令员一到两名，参谋长一到两名，副官六到八名，警卫队一到两个连。
各军区下设军编制，每个军的额定编制将分两个师、两个师、一个旅或一个师、两个旅三种，各军过去的番号依然保留在各军区中，其余将加设新的番号。另外每个军区都要编制一个骑兵师、旅和特种师、旅。
各军区的设制是：
山东军区司令部设在青州，由原来的第四、五军组成，司令员周少恒，副司令员童大勇、蒋义渠；参谋长唐镇、鲍铜钢。下设四个军：总兵力十万七千人。
第四军：军长滕胤玉，辖第二师、第十一师、第二旅。
第五军：军长乔克裕，辖第八师，第十师、第七旅。
第九军：军长冯进，辖第十四师，特种兵旅、第四旅。
第十军：军长章一平，辖骑兵师、第十二旅、第二十七旅。
山东是商毅最初起家的地方，在占领浙江之后，一直都没有放弃，到现在己经逐步发展成总兵力超过十万的大部队，由其是山东军区的主将周少桓，不仅能够领军，而且在内政方面也做得同样出色，山东军区己经形成一个初步能够自己自足的地区，而且尽管过去山东军区一直相对独立存在于商家军的系统内，但军区几名首领对商毅仍然保持着相当高的忠诚度，对商毅一直敬服不己，在山东地区也处处模枋商毅的行事作风，因此也赢得了一个“小督师”的外号。
虽然在清军南征时，山东军区并没有打什么大仗，尽管一直主要担任的牵制、吸引清军力的作用，但对商毅的命令执行却十分坚决，从来没有报怨挑剔过。这也和周少桓的耐心劝说、解释分不开。而且在商家军跨海突袭辽东的时候，山东军区是担突袭舰队的桥头堡和大后方的双重作用，并且也派遣兵力参与了这次突袭任务，也可以说，如果没有山东军区的协助和配合，这次突袭作战也无法取得成功的。
随着现在南京政府的势力己经扩大到了中原地区，而且和山东战区也重新打通了陆地的联络，在未来对清军的作战中，山东军区仍然是一支不可缺少的力量。
淮南军区，司令部设在凤阳，由原来的第一军组成，司令员成进，副司令员赵英杰；参谋长尤洪亮。下设四个军：总兵力九万八千人。
第一军：军长苏建林，辖第一师、第五师、第二十九旅。
第十一军：军长程培经，辖第七师，第二十师。
第十五军：军长程培经，辖第二十四师，特种兵旅、第一旅。
第十八军：军长黄绳武，辖骑兵师、第五旅、第十九旅。
在两次清军南侵的战役中，淮南军区都是担任着主力部队，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功劳，司令员成进，己经成长为一各出色的指挥者，可以算是商毅手下的头号猛将，在下一步对清廷的作战中，淮南军区仍然是中华军的绝对主力。
江西军区，司令部设在赣州，由原来的第二军组成，司令员罗远斌，副司令员王信；参谋长刘伯涛。下设三个军：总兵力七万二千人。
第二军：军长吴礼林，辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军：军长刘远报，辖第四师、骑兵师；
第十六军：军长郑广明，辖第六师第九旅、特种兵旅。
江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省，南京政府的南部地区，使南京政府在与清军作战时，没有后顾之忧。而如果平定了北方之后，江西军区也将成为进攻南方的先头部队。
湖广军区，是由湖北军区加上驻守湖南的第三军合并而成，司令员李定国，副司令员杨武丞；参谋长李牟。下设四个军：总兵力十一万二千人。
第六军：军长李汉军、辖第九师、第十八师、第十六旅；
第八军：军长黄庆文，辖第十师、第十五师、二十二旅；
第十三军：军长黄向东，辖骑兵师、十九师，二十八旅；
第十七军：军长李元胤，辖特种师、第六旅、第十七旅。
在新的军区编制中，湖广军区的兵力最多，这是因为湖广军区同时于清廷、吴三桂、永历朝三方接壤，因此面临的局面也最复杂，不过经历了独守黄州的历练之后，李定国也显示出了自己的名将潜质，因此商毅也十分放心的将湖北地区防守任务交给他。
南京军区也是五个军区中最小的一个，是由从过去的湖北军区中，分离出的第七军为主组成，司令部就设在南京，主要的任务就是保卫南京、杭州两地。司令员段鹏，副司令员何冲；参谋长张达江。总兵力为五万人。下设二个军：
第七军：军长田楚，辖特种师、三旅、二十一旅；
第十七军：军长张立东，辖二十五师、骑兵旅、三十三旅；
这样五个军区总计下来，中华虎贲军的总兵力为四十五万左右。而商毅计划，在扩充二到三个军，使总兵力超过五十万，另外再扩充十到十五的后备年，那么以后对清廷和南方作战，也就基本足够了。
而海军的编制就相对简单一些，中华伏波军的司令部设在杭州，另外在山东登州、苏州南通和台湾基隆也都设有海军基地。司令员成钢、副司令员黄震、以下仍是五个海军分舰队，一个西班牙雇佣兵舰队，和三个长江分舰队。
目前海军部共计拥有各种舰船三百零七艘，主力战舰有一百七十七艘，分别为一级战列舰一艘，二级战列舰六艘，三级巡洋舰四十七艘，四级称为驱逐舰七十八艘，五级护卫舰五十五艘；辅助战舰一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型战舰；另外还有飞剪船十八艘。
海军部的总兵力为五万七千人，其中包括基地后勤人员有一万四千，海军战斗人员有二万八千、水手、技术人负一万五千。
东乡重次死后，商家军向萨摩军的残部发动了最后的进攻，在一阵火枪射击之后，萨摩军的残部伤亡一片，其畲全都自杀身亡。而首里城的动乱也终于全部结束。
萨摩军几乎全军覆没，而彦根军也好不到那里去，就算加上松平信纲带来的二千人的余众，一共也只剩下一千八百多人。因此也可以算是损失残重了。
而同样损失重大的首里城，原来这里本来有三万多名琉球百姓居住，现在只剩下不足五千人，而在动乱结束之后，更为重要的是，琉球王尚贤，以及王室成员，也全部都丧生在这一次动乱当中，从幸存的几个待从那里得知，琉球的王室成员就是在昨天，被住在王宫里的岛津光久等人全部杀死，而且王室的女性成员，也都遭到萨摩藩的奸淫。还有不少人是自杀身亡的。
松平信纲得知之后，也不禁苦笑了一声，自己的推测没有错，商家军的目标既不是萨摩藩，也不是自己，而是琉球的王室。
尽管琉球不大，但却依然是一个独立的国家，只要琉球王室存在，商毅就很难名正言顺的吞并琉球。当然以商毅的实力，并不是不能直接干掉琉球的王室，但这样一来，在琉球恐怕人心不服，难以稳定。而萨摩藩这一闹，正好替商毅解决了这个难题，琉球百姓的仇恨全都被转移到日本身上，对商毅反而会感恩戴徳，心甘情愿的服从商毅的统治。
因此商毅的这一手玩得确实十分高明，幕府、自己、萨摩、琉球，全部都被他玩弄于掌股之间。琉球正是日本南端的门户，商毅占领琉球之后，日本等于门户大开，而面对这样一个可怕的对手，日本有胜算吗？
第四卷 纵横篇 第一九二章 抗清统一战线
就在商家军的舰队以巨舰重炮轰开了日本国门的时候。商毅在南京正式招开了江南四方会谈，制订南方的四个政权同时存在的规则。
参加四方会谈的代表是，南京方面的代表是李岩、李松晨；永历朝廷的代表丁时魁、吴贞毓；永安朝廷后代表张煌言、尚之孝；绍武朝廷的代表郑鸿逵、顾元镜。另外还有三名中立方的代表吴甡、史可法、黄宗羲，付责从中调停，协调各方的关系。
整个会谈足足进行了一个多月的时间，过程也十分曲折，四方代表为了自己一方的利益，全部都尽力据理力争，寸步不让，多次中断了会谈的进程。在整个会谈其间，一共发生了七次休会暂停，甚致还有两次有代表威胁要退出会谈，而在桌面下的暗箱操作，威逼利诱，拉陇分化等等手段，更是不计其数。
不过现在南方的四个政权一强三弱的事实是不可改变，三个南明朝廷都是处于弱势的一方，但本身都不思进取，不能励精图治，奋发作为，而且在互相之间还都不能兼容，难以组成一个联系紧密的同盟来对抗南京，因此在会谈的大趋势上，也只能被南京政府牵着鼻子走。
但经过了艰距的反复协商，扯皮拉筋之后，终于在十月五日这一天，达成了一致的意见，签定了协议。
协议首先规定，正式承认永历、永安、绍武这三个明藩朝廷的合法地位，互相并尊，如遇会议、会盟、签定协议，则以各朝廷皇帝的辈份、年龄来分列位次；各朝内部的内政自主，官员任命、岁赋役征，其他各方都不得干涉，；南京方面也承认奉立三个明藩朝廷为正朔，在公文来往方面，以臣属自居。而三个明藩朝廷也共享正式策封商毅为靖北王，将湖广、江西、浙江、南京四个地区确定为商毅的封地。
这一点是确定现在南方秩序的大原则，也是经过了最激烈的争吵，由其是永历朝廷，因为永历朝廷的皇帝朱由榔是祟祯、弘光两个皇帝的堂弟，从血缘来说算是最近的，因此一直都以正统自居，当然不甘心和其他二个朝廷并列，相比之下，永安、绍武两个朝廷因为血统较远，到是能够接受这个事实。结果以三比一的优势为压永历朝廷。
为此永历朝廷的代表还闹出了第一次退出。但南京方面对此也早有准备，通过私下的渠道，警告永历朝廷，一但为此而退出，那么等南京、永安、绍武三方达成一致之后，将联合出兵，同伐永历朝廷，后果很严重，自己看着办。结果永历朝廷的代表果然害怕了，也只能服软。
不过商毅表示仍然奉立这三个明藩朝廷为正朔，也算是给足了他们面子，尽管谁都知道，这仅仅只是在名议上，但回去之后也能够自圆其说。而对南京方面来说，重视的是实利，而不是虚名，何况南京政府本身就是一个独立的政权，基本上也不会和三个明藩朝廷有什么官方来往。
而三个明藩朝廷承认商毅靖北王的称号和封地，也不过是顺水推舟，因为商毅己经称王了，封地也占领了，承不承认也都一样。
协议的其次内容，是正式确定三个明藩朝廷的疆土范围以边境，并且规定发生摩擦事件，只能用协商解决，或请第三方调解，但在互相之间不得无故兴兵袭犯，否则其他各政权将联合对其进行打击。而除目前各方所拥有的地区之外，其他的地区将由各方自己抢占，谁打下来归谁。
在承认了第一条的大原则之后，这一条是争议最小的，因为三个明藩朝廷都是不思进取，得过且过之辈，能够守着自己这一亩三分地，当几天太平皇帝，过几天舒坦日子就心满意足了，别人不来打自己就谢天谢地，谁都没有兴趣再去打别人，致于统一天下，还是算了吧。而各朝廷内部的官员也都忙着争权夺利，能够在一个外部稳定的环境中争权夺利，当然也受各方的欢迎。
协议的最后内容，都是针对清廷的。包括的内容有：南方各朝廷都与清廷势不两立，以收复失地为己任，并且约定首先收复北京的一方，将为天下共主；与清廷发生任何官方来往、签定和约、南方都必须以一个整体进行，任何一方都不得私下与清廷签定任何协议、和约；任何一方遭受清廷或其他势力的攻击，其他三方都有义务出兵支持；而三个明藩朝廷如果要出兵北伐，商毅将为其让路。
关于这部份内容，其他的到没什么，因为现在长江中下游都是商毅的地盘，除了永历朝廷有一部份和四川接壌之外，其他都和清廷没有直接相邻，谁都不担心清军会打过来。因此签定四方攻守同盟，永历朝廷也很满意，而其他两方也都没有意见。
而争意最大的是收复北京者为天下共主，因为谁都知道，现在的南方有实力收复北京，只有商毅。因此这一条等于是为商毅量身定做，但谁也无法提出反对意见来，毕竟不能说自己收复不了北京。
而对南方除商毅之外，唯一一个真心想和清军作战的郑成功集团，商毅也在私下答应他们，下一次与清廷作战，一定会叫上他们一起出兵。并且在长江北岸的沿海地区，也让出一个地方，供郑军驻军，屯积粮草物资。因此郑成功集团也全力支持这项协议。
当然还有一些其他的次要内容，比如各方都将开放各自的边境地区，互相通商往来，降低关税，流通商品贸易；允许《杭州时报》在其他三个朝廷内自由发行；南京政府也邀请三个明藩朝廷派遣官员，留驻南京，以便于互相联络沟通等等。因为这些事项并不涉及各方的根本利益，到也并没有引起多少争议，很快也就确定下来了。
这份在后来被称为是南方抗清统一战线形成的标志性文件，也就是这样被捣鼓出来了。而在后来的档案、历书中，将这件文件称为《南方联盟协议》。
各方代表在协议上签好名之后，也都带着各自的一份协议，离开南京，返回自己的朝廷。不过在各自的朝廷中又都引发了一场争论，有人赞成、也有人反对。不过各方的实权人物心里都清楚，现在南方三朝廷根本无法与商毅相抗衡，而且这协议对自己来说也多少有一些好处，而不利的地方，似乎在目前还真的没有，一但不承认这协议，万一把商毅给遭恼了，真的打过来怎么办？
另外其他三方的不少大臣们也都有这样一个想法，反正有商毅在前面挡着清廷，就让他去和清廷硬拼，等到他们拼个两败俱伤，自己也好坐收渔利。因此在这多重因素之下，虽然也经历了一番争吵，但最终还是认可了这份协议。而随后各方又都各自投入到权力斗争当中去了。至于协议，也没人再理会。
三个明藩朝廷内部的事情，商毅从情报部门那里也都陆续知道一些，大体的发展并不出他的预料，虽然从理论上说，签定的协议本身并没有太大的约束力，随时都可以被撕毁，但三个明藩朝廷肯派人到南京来参加会谈，就基本表示了各方对会谈结果的主要态度。而且协议也充份照顾到各方的现实利益，因此在时局没有发生明显的变化之前，各方也都不会轻易违反这份协议，至少也可以维持一段时间。
那么在短时间内，自己也不用把主要的精力放在南方，而是可以将大部的注意力放在北方的清廷，以及海外。
同时第二次琉球战役，以及进攻日本，袭击江户的战斗消息也都陆续传回到南京，战事的进展也十分顺利，一直都按照商毅预定的计划进行，也让人十分放心。因此现在商毅的主要精力还是放在自己内部的调整上，现在要做的事情还有很多，安排一直排到了今年的年底。
而首先要做的，就是举行称王仪式，虽然现在商毅己经称靖北王已经有三个多月了，在南京政府的文件上，也己经使用靖北王的称呼，而且也得到了三个明藩朝廷的正式承认，但由于四方会谈的进行，以及其他的事务商毅始于都没有举行一个正式的加冕仪式。虽然只是称王，但也仍有一套十分复杂的程序和仪式，在中国古代，对这一套程序是非常重视的，因此从理论上说，商毅这个靖北王还不算是名正言顺。
现在其他事情都告一段落，四方会谈也取得了比较好的结果，因此周世奇、王夫之、李岩、李格非等人也向商毅进言，应该在南京筑台祭天，选择一个良辰吉日，正式登台，进冠冕，玺绶讫，面南背北称王。
商毅虽然不喜欢这些繁琐的仪式，但也不好弗众人的意愿，因此也只好同意，但要求一切仪式，都尽量简进行。
第四卷 纵横篇 第一九三章 称王设官
其实称王的仪式也并不仅仅只是一个形式，还要分封各级官员，以及商毅的众妻妾们也都要得到正式策封，正式成立后宫。
尽管这一次只是称王，而不是称帝，但现在商毅集团巳经不在是一个临时的地方割据势力，是成为一个真正的国家政权机构。也需要一套与之相配的行政管理制度和规则，正式的官职品级，以及军队的建制，当然也包括商毅后宫的等级制度。那怕只是暂时性的。这才是称王的主要目地。因此这也是对目前商毅集团内部的一次全面的安排整合和权力分配。
另外商毅起事差不多有五年的时间了，现在虽然还不算是完全功成名就，统一天下，但也可以说是坐镇一方建朝立业的独立势力，而有不少一开始就跟随商毅的部下，在这些年来，也都立下了不少功绩，无论是文臣还是武将，都应该对他们有所安排，进行一次阶段性的封赏奖励，这也是居上位者必须做的工作。
同时随着实力的扩大，在商毅集团内部，也形成了几个派纟，从地域可以分为山东纟和浙江系两支；从家族上可以分为周氏和林氏二派，再加上其他的小派系，也比较复杂。但正是有人的地方就有江湖，一个集团扩大，内部再形成新的派纟，在任何时候，任何地方，都是不可避免的事实。
当然在目前来说，商毅集团内部的各方势力还十分团结，并没形成争权夺利的局面，一方面是有商毅在上面压制，另一方面也是目前还处于“革命尚未成功，同志仍需努力”的阶段，因此众人都还能够做到齐心协力，互相帮助。但也不能因此马虎大意，由其是称王之后的分封，不仅要做倒对毎一个人都论功行赏，还要平衡各方面的利益，不说让所有人都满意，但也必须让绝大多数人都心悦成服，这也确实让商毅也废了好一番脑筋。
在加冕仪式结束之后，首先是对后宫进行分封，王爵的后宫制度没有皇帝那么复杂，大体只有正妃、侧妃、偏妃三种，甚致还会有妾室。当然如果商毅原意，也完全可以按照皇帝的标准，弄出什么三宫六院七十二妃来，不过现在商毅还不打算广收妻妾，只是立叶瑶瑱为靖北王正妃，林凤舞为侧妃，陈圆圆和明石姬都为偏妃。但同时商毅也正式规定，自已不在南京期间，正王妃将有代理行政决策的权力。
因为现在算是商毅正式妻妾的，只有这四个人。虽然亚莉桑徳拉和朱媺娖的婚礼都在筹备当中，但毕竟没有正式举行，因此这一次也都不在分封之列。
后宫的分封，也是最简单的一项，并没有太多争异。因为在商毅的妻妾当中，除了林凤舞之外，其他人其本都没有多少娘家势力，叶瑶瑱本来就是商毅的正妻，立为正妃也是理所当然，而且在过去几年里，商毅领军出战，都是由叶瑶瑱代理政务，这一点也己经得到了众官员的认可。
林凤舞是以平妻的身份嫁给商毅，她也是商毅的妻妾当中，唯一一个有娘家背景的，而且林凤舞本身也极居理财能力，和海外阅历，同时林家也是商毅的一个重要的支助力量，因此被立为侧妃也是顺理成章，而陈圆圆和明石姬本是妾室，被立为偏妃。
随后才是重头戏，因为中国发展到现在，文官制度己经非常完善了，没必要做大修改。因此在文官的品级和官职名称上，商毅也并不准备另搞一套，基本还是沿用明朝的旧制，官员的品级分从正九品，而各级以内又分初授、升授、加授等二三个级；而中央设内阁、分六部九寺等等。
首先商毅下令，将行政部正式改为内阁，由周世奇出首辅，王夫之、李岩、李格非三人都入阁理事。周世奇兼任吏部尚书、户部尚书；王夫之兼任礼部尚书、工部尚书；李岩兼任兵部尚书，统战部部长。
周世奇，王夫之、李岩三人成为商毅的内阁成员，并不奇怪，因为这三个人很早就付责整个行政部的工作，只有李格非是被格提拔起来的。而且在此之前，李格非付责的是商业运行，对外贸易来往，以及对外事务等工作，在中国传统的政治格局中，这些都不是主流的事务。
但李格非的身份是林之洋的盟兄弟，也算是林家的一份子，而林家也是商毅手下的一大团体，在另一大团体周家已经出任内阁首辅的情况下，林家在内阁中理当占有一席之地。而且南京政府和过去的其他朝廷不同，十分重视商业营运和对外贸易，这两块的收入占总财政收入的七成左右，因此过去李格非的工作，实际也是相当重要的。这次进入内阁，也表示商毅坚持发展商业，对外贸易，以及走向海外的态度。
由内阁成员兼任六部尚书，也是明朝常的惯例，以前商毅在行政部下，设立了十一个司，实际是将六部的职能和权利分散，因为商毅的政府和过去的历代朝廷所走的道路并不一样，还按照原先的六部划份，显然是己经不能满足管理的需要，必须分得更为细致，因此这十一司实际取代了过去六部的位置，同时还会增设一些新部门。
而内阁成员兼任六部尚书之后，实际是不能参与六部的实际公务外理，只是分管各部工作，吏部下，新设组织部和人事档案部、户部分管财政部、审计部；礼部分管教育部，宣传部、工部分管工业部、农田部、工建部；而李格非分管商务部、对外贸易交流部。而兵部现在仅仅只是一个虚壳，所有与战事有关的事务，都由统战部处理，保留这个名称实际只是为了凑齐六部，因此李岩同时还兼任统战部的部长。
不过统战部的俱体工作其实是由商毅在处理，而且在现阶段，统战部仍然是最高机构，就连内阁也必须服从统战部的决议。但李岩并不属于山东、浙江这两大集团之中，因此权力分配大体仍然保持着一个平衡状态。
唯一一个没有被兼任的六部职位就是刑部，由仲栽司主事为王仲平出任刑部尚书，而且刑部不在内阁的管辖范围以内，而是直接对商毅付责。因为商毅是来自现代社会的人，三权分立的概念己经深入其心，现在的南京政府还不可能成立议会，但这也是将司法部门从行政部门独立出来，司法权和行政权分立的格局，并为以后真正实行三权分立所做的准备。
刑部以下，设仲裁院和督察院两个机构，其中仲裁院是付责处民间事务，而督察院是处理各级官员的违法事务，但目前来说，督察院只有审判权，并没抓捕权和审询权，目前这两项权利都由由安全处、情报处来付责，督察院主要还是刑部只是走最后一道审判程序。刑部目前的主要功能，还是针对民间事务，权力并不大。毕竞现在还是战争时期，并不是真正搞国家建设的时候。因此尽管刑部尚书王仲平是属于山东纟的，但也不会对权力划纷造成多大的影响力。
这样一来，而属于直接对商毅付责，除了刑部之外，还有文书司，安全处、情报处，现在也都升级成部。各部的部长依然由原来的长官出任。这样一来，南京政府实际有十八个部门，分属内阁管理的有十二个，直接对商毅付责的有六个。
中央机构的组成等级就这样确定下来，而地方机构基本还是保持原样，按省、市、县、乡镇四级不变。其实也就是对应巡抚、知府、知州、知县等官职。而各官员的品级，还是沿用明朝旧制。同时各级官员的奉禄以及补贴也都在以前的标准上，又增加一成左右。
明朝的官员奉禄是中国历代最低的，如果尽靠奉禄，一般的官员根本养活不了自己，因为商毅集团的财政状况一向很好，因此政府官员和官兵的饷奉都很好，要比明朝时侯高得多。毕竟想要别人干活，总得让人家过得好一些吧。
不过商毅当然清楚，官员贪不贪污，并不在于官俸的高低，宋朝是历代官俸最高的，但照样贪污成风，而明朝这样的低俸，也同样有两袖清风，清廉守节的官员，因此所谓高薪养廉，所起的作用其实十分有限。治理贪污其实是一个世界性的难题，必须从道德、法制、完善的监督制度和财政管珪制度等几方面一齐努力才能完成，单靠某一方面，是没有用的。商毅集团目前来说，在这方面作得还不错，正是得益于完善的财政制度和监督体纟。
另外商毅决定现在暂时还不设立勋位、爵位，以及荫恩亲属等制度，毕竟现在还没有到真实坐享其成的时候。因此行政系统的官员构成基本就这样确定下来，以后再根据实际的需要，再增设其他部门、官员。
第四卷 纵横篇 第一九四章 整编军队（上）
文官系统确定下来之后，接着就是军队纟统。而首先改变的，是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力，为了增加军队的归属感，保障自已对军队的绝对控制力，因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王，并且己经形成一个独立的政权机构，说是国家，也不为过，如果还叫商家军，仍然脱离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制，统一称为中华军，而陆军也称为中华虎贲军，海军则称为中华伏波军。
这二个名称也得到众人的一致赞同，因为中华是中国、华夏的合称，自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字，就意味南京政府的目标是夺取天下，并非偏安一隅。也能体现商毅己经实质是一个一方君主的事实。
虎贲在中国古代，是是守卫王宫、护卫君主的专职军人，也可以指军中的勇士、猛将。而伏波的本意就有降伏波涛的意思，伏波将军则是古代对将军个人勇武能力的一种封号，用这两个词分别称呼陆军和海军，不仅十分贴功，而且也可以充份说明出中华军强悍无敌的一面。
军队的名称确实之后，商毅也正式下令，将中华虎贲军按照湖北军区的模式，在全军内部设立军区，做为中华虎贲军的最高军队组织，在目前的势力范围中，成立山东、中原、江西、湖广、南京五大军区。各军区的最官员为军区司令员，司令部中可设副司令员一到两名，参谋长一到两名，副官六到八名，警卫队一到两个连。
各军区下设军编制，每个军的额定编制将分两个师、两个师、一个旅或一个师、两个旅三种，各军过去的番号依然保留在各军区中，其余将加设新的番号。另外每个军区都要编制一个骑兵师、旅和特种师、旅。
各军区的设制是：
山东军区司令部设在青州，由原来的第四、五军组成，司令员周少恒，副司令员童大勇、蒋义渠；参谋长唐镇、鲍铜钢。下设四个军：总兵力十万七千人。
第四军：军长滕胤玉，辖第二师、第十一师、第二旅。
第五军：军长乔克裕，辖第八师，第十师、第七旅。
第九军：军长冯进，辖第十四师，特种兵旅、第四旅。
第十军：军长章一平，辖骑兵师、第十二旅、第二十七旅。
山东是商毅最初起家的地方，在占领浙江之后，一直都没有放弃，到现在己经逐步发展成总兵力超过十万的大部队，由其是山东军区的主将周少桓，不仅能够领军，而且在内政方面也做得同样出色，山东军区己经形成一个初步能够自己自足的地区，而且尽管过去山东军区一直相对独立存在于商家军的系统内，但军区几名首领对商毅仍然保持着相当高的忠诚度，对商毅一直敬服不己，在山东地区也处处模枋商毅的行事作风，因此也赢得了一个“小督师”的外号。
虽然在清军南征时，山东军区并没有打什么大仗，尽管一直主要担任的牵制、吸引清军力的作用，但对商毅的命令执行却十分坚决，从来没有报怨挑剔过。这也和周少桓的耐心劝说、解释分不开。而且在商家军跨海突袭辽东的时候，山东军区是担突袭舰队的桥头堡和大后方的双重作用，并且也派遣兵力参与了这次突袭任务，也可以说，如果没有山东军区的协助和配合，这次突袭作战也无法取得成功的。
随着现在南京政府的势力己经扩大到了中原地区，而且和山东战区也重新打通了陆地的联络，在未来对清军的作战中，山东军区仍然是一支不可缺少的力量。
淮南军区，司令部设在凤阳，由原来的第一军组成，司令员成进，副司令员赵英杰；参谋长尤洪亮。下设四个军：总兵力九万八千人。
第一军：军长苏建林，辖第一师、第五师、第二十九旅。
第十一军：军长程培经，辖第七师，第二十师。
第十五军：军长程培经，辖第二十四师，特种兵旅、第一旅。
第十八军：军长黄绳武，辖骑兵师、第五旅、第十九旅。
在两次清军南侵的战役中，淮南军区都是担任着主力部队，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功劳，司令员成进，己经成长为一各出色的指挥者，可以算是商毅手下的头号猛将，在下一步对清廷的作战中，淮南军区仍然是中华军的绝对主力。
江西军区，司令部设在赣州，由原来的第二军组成，司令员罗远斌，副司令员王信；参谋长刘伯涛。下设三个军：总兵力七万二千人。
第二军：军长吴礼林，辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军：军长刘远报，辖第四师、骑兵师；
第十六军：军长郑广明，辖第六师第九旅、特种兵旅。
江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省，南京政府的南部地区，使南京政府在与清军作战时，没有后顾之忧。而如果平定了北方之后，江西军区也将成为进攻南方的先头部队。
湖广军区，是由湖北军区加上驻守湖南的第三军合并而成，司令员李定国，副司令员杨武丞；参谋长李牟。下设四个军：总兵力十一万二千人。
第六军：军长李汉军、辖第九师、第十八师、第十六旅；
第八军：军长黄庆文，辖第十师、第十五师、二十二旅；
第十三军：军长黄向东，辖骑兵师、十九师，二十八旅；
第十七军：军长李元胤，辖特种师、第六旅、第十七旅。
在新的军区编制中，湖广军区的兵力最多，这是因为湖广军区同时于清廷、吴三桂、永历朝三方接壤，因此面临的局面也最复杂，不过经历了独守黄州的历练之后，李定国也显示出了自己的名将潜质，因此商毅也十分放心的将湖北地区防守任务交给他。
南京军区也是五个军区中最小的一个，是由从过去的湖北军区中，分离出的第七军为主组成，司令部就设在南京，主要的任务就是保卫南京、杭州两地。司令员段鹏，副司令员何冲；参谋长张达江。总兵力为五万人。下设二个军：
第七军：军长田楚，辖特种师、三旅、二十一旅；
第十七军：军长张立东，辖二十五师、骑兵旅、三十三旅；
这样五个军区总计下来，中华虎贲军的总兵力为四十五万左右。而商毅计划，在扩充二到三个军，使总兵力超过五十万，另外再扩充十到十五的后备年，那么以后对清廷和南方作战，也就基本足够了。
而海军的编制就相对简单一些，中华伏波军的司令部设在杭州，另外在山东登州、苏州南通和台湾基隆也都设有海军基地。司令员成钢、副司令员黄震、以下仍是五个海军分舰队，一个西班牙雇佣兵舰队，和三个长江分舰队。
目前海军部共计拥有各种舰船三百零七艘，主力战舰有一百七十七艘，分别为一级战列舰一艘，二级战列舰六艘，三级巡洋舰四十七艘，四级称为驱逐舰七十八艘，五级护卫舰五十五艘；辅助战舰一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型战舰；另外还有飞剪船十八艘。
海军部的总兵力为五万七千人，其中包括基地后勤人员有一万四千，海军战斗人员有二万八千、水手、技术人负一万五千。